東北大学大学院生命科学研究科 植物分子育種分野 渡辺研究室

2013年3月の記事です。

正規分布、常識、境界。。。(3/25)

2013年3月26日 (火)

 金曜日に東北大の後期入試の発表があった。土曜日の新聞には各県別の去年と今年の比較なども。出身の愛媛県からの合格者が多くなったのは、何の影響かは分からないが、同県人が、仙台に増えるというのはうれしい限りである。実験をしていると、1回の実験と言うことはあり得ない。何度も繰り返して実験をすることで、その実験系が示す値に近くなると言うか。多くの場合、正規分布をする。受験などの試験の成績も同様に正規分布をする。その正規分布することを使って、そのばらつき具合を計算して、よくいう「偏差値」というのを算出しているらしい。受験生の頃は、この偏差値に振り回されたような気がするが、実験、特に遺伝学の実験をしていると、平均値だけでなく、その実験がどの様に分布しているのか、散らばっているのか、それを「分散」というが。。。正規分布は、イメージ的には「やま」というか、「なみ」というか。そのような形である。左右に行くほど、その値を示す個体というか、そうしたものが少なくなる。。。もちろん、実験系によっては、「正規分布」ではなく、「ポアソン分布」とか、いろいろあったような気がするが、思い出せない。では、正規分布を超えるところに値はないのだろうか。数学が専門でないので、分からないが、常識の範囲内にいる限り、何かを超えて達成することは難しいのだろう。これまで誰しもがやってきたのは、誰も想像しない、常識破りなことを発想して、今までの進歩があったのであろう。

DSCN5793.JPG 常識というのは、普遍かもしれないが、そうでないことも多いような気がする。もちろん、こんなことはしてはいけないというのは変わらない。ただ、昔なら、そんなことも許された時代ということも事実である。学校の帰り道に、花をとって、蜜を吸って帰っていた。花をとって、花びらを数えながら、「すき、きらい」といいながら、むしっていたような。もちろん、田舎でである。それをするにしても、花を全部とったりはしない。加減という常識は心得ていたような気がする。その花とか、植物をとって、いろいろな体験をしているので、今があるように感じる。植物の見方、などなど。。常識といえば、この前に、大学の学部生と話をしていて、「半ドン」という言葉を知らなかった。土曜日の午前中だけ、学校がある。自分の頃は、常識であったが、週休二日になって、そんなこともなくなった。。知らない方が、常識なのかもしれない。ただ、昨今の「ゆとり教育」の揺り戻しか、土曜日の半ドンが復活しそうである。良い悪いというよりも、週5日制の方が、学校で指導される先生方には、ゆとりがなくなった。低学年から、6時間目とかいうのがあるらしい。高校になったら、8時間目とか。。。。土曜日のしわ寄せなのだろうか。あと、とある校長先生から聞いたことがある。土曜日の半ドンのあと、午後から、学年ごととか、教科ごとで、集まって、食事をしながら、話ができたと。また、ベテランが、若いのと一緒に食事をしながら、あれこれと指導もできたと。確かに、研究室でも、先輩と話をしたり、スポーツをしながらなど、半ドンがあった方が、ゆとりがあったように感じる。常識というのは、それまでに培われた様々ことを統合して、確立されたものであり、何かをまねするというのではなく、確固たる意味があったことを、その歴史的背景を踏まえて考え、行動しないといけないような気がする。

 植物には細胞壁というのがある。これが動物とは異なる。中学校だったか、高校の生物で習った。細胞壁とはなんぞや。といわれた時、結構説明するのはむつかしい。単なる、glucoseが1-4で、ねじれた(beta)形で、くっついたものでなくて、もっと複雑な構造らしい。遺伝学に興味の中心があるので、どうも構造体は苦手である。また、糖というのが、かなりの複雑性を生み出しているとも聞いたことがある。では、動物の細胞で、内と外の境界はといわれば。。たぶん、細胞膜というようにこたえることができるだろうが、植物では。。。外の空気との境を考えれば、細胞壁だが。。。。物の本によると、動物と同じで、細胞膜のところが境らしい。。。。としたとき、細胞の中を理解するのは、もちろん単純ではないが、外となると、複雑な構造体の細胞壁があり、その外側の空間は、さらに複雑である。というか、内部の機能を理解するには、遺伝子を破壊したり、顕微鏡を使ったり、いろいろな方法が考えられるが、外界となると、植物がどこまでを外界と考えているのかというところから、始まるのかもしれない。めしべの先端に花粉を運ぶ虫を考えると、虫はどこから来るのだろう。。。そんなことを考えると、まずは、細胞の中で何が起きているのか、という閉じられた空間を理解しつつ、外界を理解するのが近道なのだろうか。。。何か、画期的なことで、外界を区別できれば、もう少し理解しやすくなるような気がする。そのためにも、これまでの常識を超えたところから、植物とその周りを見る必要があるような気がした。

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 わたなべしるす

 PS. この3月に小学校を卒業した方が、卒業文集に「将来の夢は、渡辺教授のような科学者になることです。」とあったというのを、伺いました。出前講義をしていて、この様なことを書いていただけるとは。。。望外の喜びです。というか、うれしさで、おもわず。。。。でした。また、これからも、アウトリーチ活動をがんばろうという「元気」を頂きました。ありがとうございました。

 PS.のPS. 「土曜日は平日」というようなところもあるらしい。。。自分としては、自然なような気がするが。。。ただ、やっぱり、土曜日は土曜日。平日ではないような。。。もちろん、日曜日でもない。。そんな気がする。


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【研究室訪問】大阪府立大阪園芸高等学校、石川県立小松高等学校、来訪(3/26)

2013年3月26日 (火)

 前日が「ジュニア農芸化学会2013」。それに発表された、SSH実施校の大阪府立大阪園芸高等学校、石川県立小松高等学校の2校の高校生と指導されている先生とが、研究室を訪問頂きました。高校生が、学会で発表できるというのは、昔では考えられなかったことですが、最近では、他に、日本植物生理学会、日本分子生物学会でされているのを見たことがあります。あくまで、渡辺が参加している学会だけですが。。高校生が、大学の教員、院生から、コメントをもらえるというのは、とてもよいことではないかと思います。

 どちらもSSH実施校ですが、大阪府立大阪園芸高等学校とは、昨年の横浜での全国発表会でお会いして以来。石川県立小松高等学校には、今年度、3回ほど、お邪魔しました。また、コアSSHでも、鹿児島水沢でご一緒しました。最初に、研究室についてと言うことで、ちょうど、今年度で終了する、科研費・若手研究(S)の報告書がありましたので、それを元にこんなことを研究しているという、研究室の概要を説明したあと、実験室の方も見て頂きました。実験室、温室のせつめいは、院生の方々にお願いをして。普段使っているような実験器具よりは、少しグレードが違う機器があり、見たことないようなものもあったのではないでしょうか。あわせて、温室の方も見て頂き、。。園芸高校では、アブラナ科作物を、植木鉢での栽培というのは、不思議に思われたかもしれません。普通は、畑作をするものですから。。。研究をする時には、こうした系も使うというのもわかったのでは。アブラナの花のシーズン前でしたが、渡辺はアブラナの花粉症なのもあって。。。院生の方にお願いしました。

 今回は、生命科学研究科・生命素子機能分野(渡辺が知っている頃の名前は、農学部・食糧化学科・食品保蔵学研究室だったような。。。)にも、ご協力頂き、そちらの研究室も見学できるように、村本先生、永沼先生に手配頂きました。農芸化学会の学会運営で、お忙しい中、大学院生の方々が、labの中を案内してくれました。ありがとうございました。植物、遺伝学とは異なる、化学系の実験室を見ることができたのではと思います。

DSCN5820.JPG 午前中という短い時間だったかもしれないですが、普段見ないような、大学での研究の一端を見て、これからの課題研究、さらにその先の大学等を考えた時の参考になれば、幸いです。まだ、どこかでお会いすることがあればと思いますし、講義にうかがえればと思います。

 最後になりましたが、今日の実験、講義、研究室見学をお手伝い頂いた、研究室の大学院生、スタッフの方々に感謝します。ありがとうございました。今年度のアウトリーチ活動も無事終わることができました。ひとえに、研究室のスタッフ、院生の方々のおかげです。ありがとうございました。次年度もよろしくお願いします。


 わたなべしるす

 PS. 日本農芸化学会では、2013年度の参加証にIC-tagが入ったものだとか。。。国際会議のようです。。。結構びっくりしました。大きな学会のすごいところだなと。。

 PS.のPS. 今日の新聞にスーパーSSHとか、小学校の理科専科とか。これからの取組として、重要という言葉が踊っていました。昨年の3月の愛媛新聞にも書いたように、理科専科は、出身の今治では、30年以上前から。。。ぜひ、そうあってほしいなと。。

 PS.のPS.のPS. 小松高校は、ジュニア農芸化学会の発表で、入賞したというか、賞を受賞したということを伺いました。詳しいことは、また、ダイコンのHPでということではないかと。。。

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【お知らせ・お詫び】3/23(土)~3/25(月)のHP serverの部分的downについて(3/25, 26追記)

2013年3月25日 (月)

 渡辺の研究室HPがdownしたのが、3/23(土)の昼頃だったと思います。夕方には復旧していたので、ほっとしていたら。。。今日、3/25(月)の午後から夕方にかけても。。。年度末の多忙な時期に、以前にこうしたことがあったときには、12日ほどかかりましたが、今回は、多方面のご尽力で、早くの回復でしたが。。。何とか、つながったと言うことで。。。

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 わたなべしるす

 PS. mailの方は、未だ不調のままです。いろいろなご連絡を頂いているのかも知れません。急いで、mailを頂いた方々も。すみません。もう少しかかりそうです。。。回復次第、対応しますので。。。

 PS.のPS. 26日の午後にかけて、netがどうやら、落ち着きました。mailも見ることができるようになり、webも安定してきました。何が原因だったのか。少し調べる必要がありそうです。このdownしていた期間中にmailを頂いた方で、うまくいかなかった方。再送頂ければ、幸甚です。

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【出前講義】山形県立鶴岡南高等学校理数科・SSH理数セミナーI・研究室訪問、実験実習「バナナからDNAを」、特別講義「自家不和合性、植物の生殖」(3/22, 29追記)

2013年3月22日 (金)

 昨日は、日本植物生理学会で、PCP特別企画ランチョンセミナーでした。数日前までが春を通り越したような天気だったに対して、例年並みの寒さだったですが、会場の熱気はかなりのものがあったのが、何よりでした。昨年度も年度末に、研究室訪問と実験実習などを行ってもらった山形県立鶴岡南高等学校今年度から、SSHに採択されて、本格的にこうした活動が、deepにできるようになったのではと。何より楽しみにしております。昨年の時にも書きましたが、渡辺の師匠の日向先生が、市町村合併前の旧藤島町出身で、鶴岡南高等学校の卒業生。今年度は、旧藤島町の方はいらっしゃらず、残念でしたが。。。

DSC_8711.JPG 最初は、「バナナからDNAを」という、先日、小松高校で、実習指導をした実験。簡単そうですが、意外と。。食塩水でつぶして、濾過して、洗剤を入れて、エタノールで析出させる。グループに分かれての実験でしたが、各グループごとで、実験のやり方、細かさなどが違っていて。自分たちだけのことに、いっぱいいっぱいだったかもしれないですが、次回から、こうした実験の時、ぜひ、他のグループがどうしているのかを、観察してみて下さい。自分たちよりも、よいところ、そうでないところが見えてきますので。もちろん、全部のグループで無事DNAは析出して。ほっとでした。この実験に引き続いて、2つの班に分かれて、研究室の中と、外の見学。ここでは、院生の方々に説明をお願いしました。普段見ないような設備、植物の栽培など、ちょっとした気づきがこれからの課題研究のヒントになると思いますので。最後に「自家不和合性、植物の生殖」の講義を。もちろん、自家不和合性というのは、渡辺の師匠の日向先生から、渡辺が教えてもらって、今も研究を継承しているテーマ。日向先生の後輩の方々と将来、一緒に研究ができればと思ったりしながら、お話をしました。最後に見てもらった、受精のところ動画。トレニアの。これも、鶴岡南高等学校の卒業生で、名古屋大の東山先生が撮影されたものと。そんなことも説明したら、あっという間でした。講義の最後にはいくつかの質問も。とても一生懸命な半日ではなかったかと。

DSC_8775.JPG 最後になりましたが、今日の実験、講義、研究室見学をお手伝い頂いた、研究室の大学院生、スタッフの方々に感謝します。ありがとうございました。来週、また、研究室見学があり、それが今年度最後のアウトリーチ活動になるかと。

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 わたなべしるす

 PS. 今日(3/29)に、生徒さんからの感想を頂きました。DNAをとった感動、植物も生殖という点では、必死だということ、世界トップクラスの研究ということ、「何が起きるわからないことを想定しておかないといけない」、自家不和合性のことなど、positiveにとらえてもらえた時間だったのだと。。ありがとうございました。また、次年度も楽しみにしておりますので。



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【招待講演】第54回日本植物生理学会年会のPCP特別企画ランチョンセミナー「論文投稿から審査、受理に至る過程」で講演(3/21)

2013年3月21日 (木)

 昨日がお彼岸の中日。仙台では寒さが幾分ありますが、3/17には、四国・松山でのソメイヨシノの開花。岡山は、開花しているところもあるようですが、毎年測定しているところがまだのようです。特に、当日は、前日まで暖かさから、一転全国的に寒くて。。。そうした中で、3/6にもお知らせしましたが、岡山で開催された第54回日本植物生理学会年会のPCP特別企画ランチョンセミナー「論文投稿から審査、受理に至る過程」で、「論文の審査では、どのようなことが見られているのか ~審査される前に考えておくべきこと~」というタイトルで、論文を書くためというか、論文を一通り書いたあとに気をつけること、というようなイメージで話をさせて頂きました。ランチョンと言うことと、企画がよかったのか、聴衆は、200名近く。。。(もしかしたら、200名を超えていたかも。。)ありがたい限りでした。

 前後にお話頂いた、京都大・鹿内先生、理研・榊原先生のように、論文というもの(科学的・論理的整合性、論文の新規性)は、とか、論文の基本情報(Impact factor被引用数h-index)、PCPへの投稿のadvantage(decisionまでの速さ、)というようなことより、もっと基本的なこと。自分でも経験がありますが、例えば、AというJournalに投稿した。ちょっと背伸びをして。でも、審査結果は、だめ。。。さて、。。。というとき、結構、へこんでいるわけです。自分としては、このJournalにいけると思っていたのに。ところが。。。そうしたときに、結構、冷静な対応ができない。新しく投稿するJournalの投稿規定(Instructions to authorsのようなもの)もあまり見ないで。。というのも、BというJournalの引用とか、Figureの表記とか、結構違っているわけで。。それをきちんと変更しないで出すと、いかにも、Aがだめだったので、Bにしたのだなと。。。たくさん、論文を編集しているEditorなどには、そうしたことがわかります。そうしたとき、なんというか、心を込めて、この原稿を作ったのではなくて、いろいろな意味で、突貫工事でやったのだなと。。。もちろん、原稿の作成でですが。ただ、そのときに、dataの中身の信頼性が、そうした表記で危ぶまれるわけではないわけですが、そのように思われても、仕方ない。。そうならないように、日頃から、それぞれにあわせて、きちんとしたものをつくって、投稿する。当たり前のことですが、結構できてないわけです。

DSCN5812.JPG これは、投稿原稿に限らず、生活一般というか、普段の研究生活というか、教育というか。どこででも、共通することではないかと。そういえば、自分の師匠だった日向先生がこんなことを。。。「ほぼだいたい何かができたというところは、90%終わっているわけでなく、50%くらいしか終わってない。残りをきちんとするための時間というのは、最初のほぼ終わったと同じくらい時間を要する」と。。そんなことを思い出させてくれた講演でした。

 最後になりましたが、今回のランチョンセミナーに招待頂きました、Plant Cell Physiol.編集委員長・山谷先生、Oxford University Pressのみなさまにはお世話になりました。ありがとうございました。また、こうした機会でお世話になることがあるかと。また、よろしくお願いします。


 わたなべしるす

DSCN5810.JPG PS. 今日は3/21と数字が並ぶ日。1982年には、「浦河沖地震」が。。。M7.1だったと。。ちょうど、高校2年の春休みだったためか、四国では、地震がほとんどない頃。そういえば、というくらいしか、記憶にないのは。。。これからは、地震が気になることが多くなるような。。。


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