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SequenceRetriver

DNA配列の指定した位置の配列を出力する機能です。複数を同時に指定できますので、例えば、あるゲノムの全遺伝子についてその位置がわかっているとき、その全部についてDNA配列を取得することができます。なお、アミノ酸配列に変換して出力することもできます。

はじめに

メイン画面で読み込んである配列Xあるいは配列Yから、指定した範囲のDNA配列、あるいはDNA配列を翻訳した配列を抽出して返します。

実行例

例として、GenBank形式ファイルの全CDSのDNA配列を一括して取得する例を示します。まず「ExtractFromGenBankFile」を利用して、GenBankファイルから全CDSの情報を抽出します。結果を表計算シートに貼り付けるとB列に開始位置、C列に終了位置、D列に向きが表示されます(詳しくはこちら)。

GenBankファイルをメイン画面のX軸に読み込んで、SequenceRetriverの左側のテキストフィールドに、B、C、D列をコピーして貼り付けます(2列目以降。ヘッダー行を含めてはいけません)。プルダウンメニューから「1データ1行で」「向きを考慮してDNA配列として」を選択して「出力する」ボタンをクリックします。

右側のテキストフィールドに指定した位置のDNA配列が表示されます。「向きを考慮して」の設定になっていますので、向きとして-1が与えられていれば当該DNAの相補配列が表示されます。表示された結果をそのまま表計算シートに貼り付けると良いでしょう。

注意とヒント

「1データ1行で」以外には「FASTA形式で」が選択できます。

「向きを考慮してDNA配列として」以外には「向きを考慮せずDNA配列として」と「指定した向きでアミノ酸配列で」が選択できます。アミノ酸配列に変換する場合は、環境設定のgeneralタブ中で選ばれているtranslation tableに従って翻訳されます。

向きの指定を省略すると、向き1として実行します。