GenomeMatcher project homepage
GenomeMatcher, a graphical interface for comparative genomics

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したいことから機能を探す

はじめに

このページはゲノム比較ソフトGenomeMatcherとその付属機能について、したいことからどの機能を使えば良いのかを提案するページです。

したいこと 推奨する方法/機能
ゲノミックアイランドの位置を調べたい メイン機能 / ArcWithColor / DinucleotideBiasSingature
制限酵素部位を図示したい メイン機能のlocation look upとGeneDrawerまたはArcWithColor
DNA配列からタンパク質をコードする部分を同定したい CompreSequencesのアノテーション支援機能
タンパク質の開始コドンの位置を見直したい CompreSequencesのアノテーション支援機能
塩基の点変異を図示したい メイン機能でMUMmer(nucmer)で検出されたSNPを表示
遺伝子群の絵を描画したい GeneDrawer、メイン機能でグラフィックスを出力
自分のパソコンでBLASTをかけたい BLASTinterface。データベースの作成機能がMassiveBlastに。
タンパク質の相同性を調べたい CompreSequencesの相同性スコアテーブル出力機能など
挿入配列の末端を見つけたい DotMatch: 同じ配列をX、Y両方に読み込むと良い
CRISPRを同定したい DotMatch: 同じ配列をX、Y両方に読み込むと良い
転写終結配列を同定したい DotMatch: 同じ配列をX、Y両方に読み込むと良い
oriTを同定したい DotMatch: 同じ配列をX、Y両方に読み込むと良い
複製開始点を見いだしたい DotMatch: 同じ配列をX、Y両方に読み込むと良い / ArcWithColorのGC-skew
DNA結合タンパク質の結合モチーフから結合部位を見いだしたい メイン機能のlocation look upでmotif search
同じではないが似ている配列(モチーフ)を探したい メイン機能のlocation look upでmotif search
複数のゲノム配列を相互に比較したい メイン機能のcatenation modeあるいはCompreSequences
ゲノムの構造の違いを描画したい メイン機能
DNA配列中の相同部位を可視化したい メイン機能
マイクロアレイの結果を絵にしたい GeneDrawer
ゲノムから外来領域をみつけたい メイン機能 / ArcWithColor / DinucleotideBiasSingature
特異性の高いprimerをデザインしたい PrimerFinder
GenBank形式/DDBJ形式のファイルから情報を抜き出したい ExtractFromGenBankFile
位置を指定してDNA配列の部分配列を取得したい SequenceRetriver
改行コードを確認/変更したい StringFormatter
検索置換を沢山したい StringFormatter
表計算シートで処理できない処理をなんとかしたい DataCounter / RecordMatcher
大量の配列をBLASTにかけたい MassiveBLAST (ヒットする配列の抽出のみ)
数値データをもとにグラフィックスを作成したい GeneDrawerかArcWithColor
FASTA形式に変換したい StringFormatter
複数の配列を相互に比較したい CompreSequences
solexaのファイルをFASTA形式にしたい MassiveBLAST
BLASTのデータベースを作りたい MassiveBLAST
相同性の分布図を作りたい 比較後、環境設定で表示される
ゲノム中をコードされているCDSに基づいて比較したい メイン機能
相同性が検出されない部分がどうなっているのか調べたい メイン機能でアラインメントを出力 / DotMatch
2つの配列のアラインメントを作りたい メイン機能
50Mbを超えるような長大な配列を比較したい メイン機能のmesh mode
文字データがそれぞれいくつあるのか数えたい DataCounter
集合の片方にしかない要素を調べたい DataCounter
集合の両方にある要素を調べたい DataCounter
GenBankファイルから全アミノ酸配列データを抽出したい ExtractFromGenBankFile
GenBankファイルから全遺伝子のDNA配列を得たい ExtractFromGenBankFileとSequenceRetriver
GenBankファイルから16S rRNAの遺伝子の配列を全て得たい ExtractFromGenBankFileとSequenceRetriver
2種のprimer配列がprimer dimerを形成するか調べたい PrimerFinder
primerがゲノム全体に対して特異的か調べたい PrimerFinder
primerのアニーリング温度を計算したい PrimerFinder
遺伝子の配列がゲノム全体から偏っているか調べたい DinucleotideBiasSingature
たくさんあるコンティグをリファレンスゲノムと比較したい multiFASTAMode
multi FASTAファイルに対してBLASTをかけたい BLASTinterFace
ゲノム全体に対して特異的なprimerを設計したい PrimerFinder
GC含量をプロットしたい ArcWithColorとGeneDrawer
ゲノムのサーキュラーマップを描画したい ArcWithColor
プラスミドマップを描画したい ArcWithColor
ジヌクレオチドバイアスシグネチャーをプロットしたい ArcWithColorとGeneDrawer
遺伝子の隙間についてORFを抽出したい CompreSequencesのアノテーション支援機能
遺伝子の周辺構造の保存性を調べたい CompreSequences
表計算シートで、検索を繰り返すのが面倒 RecordMatcher
リストから目的のものを探す操作を繰り返す RecordMatcher
DDBJのMass Submission Systemの要求する形式に変更したい StringFormatter