脊椎動物ゲノムの非コード領域には高度な複雑性が存在する。脊椎動物ゲノムで顕著に発達している遠位エンハンサー（プロモーターから遠距離に存在し組織特異的活性を示すエンハンサー、複数の遺伝子と相互作用することもある）に着目し、これを新しい遺伝子相関を形成し新機能獲得進化を促進する仕組みとして捉え、ゲノム解析・機能解析・シミュレーションにより検証する。遠位エンハンサーは遺伝子のアミノ酸コード部に比較して構造的に自由度が高いため、プロモーターから離れた組織特異的遠位エンハンサーではトランスポゾン挿入などによる新機能獲得が起こりやすく、組織ごとに独立した新機能獲得進化の原動力となると考えられる。この進化モデルが正しいかどうかを、私たち独自のTol2トランスポゾンを用いたトランスジェニックマウス作製法によるエンハンサー機能解析や、比較ゲノム解析、ChIP-seqデータ解析等により検討する。これまでの研究で遠位エンハンサーの概略がわかりつつあるDlx3-4遺伝子クラスターとGsh1、Gsh2遺伝子の遠位エンハンサー進化を例に取り、レトロポゾン由来で進化的に新しく獲得されたと考えられるCTCFなどの転写因子結合サイトの機能解析などにより、新しい相互作用が生み出されている可能性を検証する。さらに遠位エンハンサー特有の性質が、ゲノム重複で生じたパラログの関係にある転写因子で構成される遺伝子回路に頑健性を与えている可能性などについてシミュレーションを取り入れて検証する。さらにゲノムをひろく調べ、このようなメカニズムの普遍性を検証することを目的にする。