multiFASTAMode

たくさんあるコンティグをリファレンスゲノムと比較して、結果をグラフィカルに表示する機能です。相同性が見られた位置に従ってコンティグの順番を並び替える機能もあります。特定のコンティグについてメイン機能で詳細に比較することが可能です。

はじめに

次世代シーケンサーの普及に伴って、たくさんのコンティグよりなるゲノムDNA配列データが手元にある研究者が増えているようです。multiFASTAModeは、コンティグをクエリとしてリファレンスゲノムに対してblastnで解析した結果をグラフィカルに表示します。コンティグはmulti FASTA形式のものが読み込めます。

使い方

• メイン画面でY軸に配列を読み込みます。
• multi FASTAファイルを「select file」ボタンから選択します。
• x軸方向に何倍に拡大して表示するかを設定します(あとで変更できます)。
• コンティグ長に対してどれぐらいの長さのヒットがあった時に、ヒットとするかの設定を変更します(あとで変更できます)。
• 「compare」ボタンを押します。contigの数や長さによっては、blastnによる解析と表示に相当の時間がかかります。

結果が表示されたら、

• 「reverse if」ボタンを押すと、contingの配列がリファレンス配列に対して"逆向き"の場合にそのコンティグの配列を、reverse complementします。
• 「lineup」ボタンを押すと、リファレンスゲノムのどこにヒットするかを考慮してコンティグを並び替えます。

注意とヒント

各パネルをクリックして選択することができます。シフトやコマンドを押しながら、複数選択することができます。選択すると青枠がつきます。

パネルにはコンテクストメニューが設定されています。選択中の配列を表示／消去したりすることができます。

コンテクストメニューから、配列をメイン画面にセットすることができます。このとき、「focus at pointer」を選択すると、コンテクストメニューを呼び出したおおよその位置がメイン画面にセットされます。

複数のコンティグを、別の複数のコンティグと比較することはできません。

比較プログラムはblastallのblastnです。bl2seqのblastnとは微妙に結果が異なることがあります。

PDF出力はできません。

縦軸はリファレンスゲノムでなくても、興味のある配列でも構いません(typeIV分泌系の遺伝子クラスターとか)。

複数のコンティグをリファレンスゲノムと比較する別の機能を公開準備中です。しばらくお待ちください。

この機能は作りかけです。ご要望をお寄せください。