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GenomeMatcher, a graphical interface for comparative genomics



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GenoemMatcherはゲノムを比較した結果をグラフィカルに表示するソフトウエアです。また、比較ゲノムとは関係がない機能もいろいろと追加しています。これらは作者が自らの研究用に作成したものですので、多くの方に便利だと思っていただけるのでないかと思います。

GenomeMatcherで何ができるのかを素早く知りたい人はギャラリー動画マニュアルをどうぞ。

GenomeMatcherを使いこなすにはある程度のエクセルの知識が必要です。関連すると思われる事項についてエクセルの使い方ヒント集のページを用意しました。

更新履歴

最新バージョンは ver.1.799です。

論文引用

GenomeMatcherを利用して得られたデータを公表する際には以下の論文を引用してください。

GenomeMatcher: A graphical user interface for DNA sequence comparison.
BMC Bioinformatics 2008, 9:376 (16 September 2008)

GenomeMatcherで利用可能なプログラム

GenomeMatcherは各種プログラムのGUIともなっています。各種プログラムについて、オリジナル文献と関連するwebページを以下に示します。GenomeMatcherをこれらのプログラムのGUIとしてご利用いただいた場合、当該プログラムの文献をご引用頂けますよう、お願いいたします。

blast+

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download

blastall

Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ: Basic local alignment search tool. Journal of molecular biology 1990, 215(3):403-410.

CONSERV: http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/~ngoto/CONSERV/ #ユーザーによるダウンロードおよびコンパイルが必要。

CONSERV: A Tool for Finding Exact Matching Conserved Sequences in Biological Sequences. Naohisa Goto, Ken Kurokawa, Teruo Yasunaga: Genome Informatics 11:307-308 (2000)

MAFFT http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/software/macosx.html #ユーザーによる入手が必要。

Katoh K, Misawa K, Kuma K, Miyata T: MAFFT: a novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast Fourier transform. Nucleic acids research 2002, 30(14):3059-3066

bl2seq

Tatusova TA, Madden TL: BLAST 2 Sequences, a new tool for comparing protein and nucleotide sequences. FEMS microbiology letters 1999, 174(2):247-250.

MUMmer http://mummer.sourceforge.net/ #ユーザーによるダウンロードおよびコンパイルが必要。

Kurtz S, Phillippy A, Delcher AL, Smoot M, Shumway M, Antonescu C, Salzberg SL: Versatile and open software for comparing large genomes. Genome biology 2004, 5(2):R12.

ClustalW

Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ: CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic acids research 1994, 22(22):4673-4680

dinucleotide signature

Samuel Karlin: Global dinucleotide signatures and analysis of genomic heterogeneity. Current Opinion in Microbiology 1998, 1: 598-610

GenomeMatcher

GenomeMatcher: A graphical user interface for DNA sequence comparison. BMC Bioinformatics 2008, 9:376 (16 September 2008)