GenomeMatcher project

GenomeMatcher project homepage

GenomeMatcher, a graphical interface for comparative genomics

English page is here.

動画マニュアルページ

最初の起動後にユーザー登録をしてActivation Keyを取得していただく必要があります。ソフトウエア起動時のメッセージウィンドウに従ってください。

動画マニュアルを用意しました。ギャラリーやマニュアルと一緒にどうぞ。

GenomeMatcher 1.661 ダウンロード <up date 2011.11.26>

GenomeMatcher 1.61 ダウンロード <up date 2011.5.24>ContigAlignerで、contigの名前の表示位置を左上に変更しました。

GenomeMatcher 1.6 ダウンロード <up date 2011.2.23>blast+が一部の機能で利用できるようになりました。利用するにはblast+をインストールする必要があります。インストールパッケージは以下のURLで入手できます。http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download

ArcWithColor1.32　ダウンロード <up date 2011.11.26>ゲノムマップを描画するためのソフトです。手元にある位置データなどをグラフィックスに変換するのを支援します。GC含量、GC skew、他ゲノムとの比較データを算出する機能もついています。無保証ですが誰でもご利用いただけます。マニュアルをダウンロード。

GenomeMatcher 1.332　ダウンロード <up date 2009.5.17>アノテーション支援機能と大量シーケンスデータをBLASTにかける機能を付けました。前者は開始コドンの位置を決定するのに便利です。後者は数千万本のリードからデータベースにヒットする配列だけを抜き出すことが出来ます。

GenomeMatcher 1.340　ダウンロード <up date 2009.8.28>primerデザイン支援機能を付けました。3'端の一定長がゲノム全体の配列に対してユニークであるようなprimerの候補を出力します。さらに候補配列についていくつかのチェックを実行します。

GenomeMatcher 1.350　ダウンロード <up date 2009.11.2>

GenomeMatcher 1.367　ダウンロード <up date 2010.2.4> 結果の白黒表示ができるようになりました。検出された相同性を白地に黒線、あるいは黒地に白線で表示できるほか、グレースケールでの表示もできます。またContigAlignerのbeta版を追加しました。ContigAlignerは複数のコンティグをリファレンスに貼り付けてコンティグ間の位置を理解することができます。またギャップクロージング用のprimerを出力することができます(今後、大幅に仕様が変更になる可能性があります)。<ContigAlignerの不具合を解消しました。更新がまだの方はお願いします。>

GenomeMatcher 1.37　ダウンロード <up date 2010.2.22> OS10.6でイメージカラムに絵が表示されない不具合を解消しました。

GenomeMatcher 1.371　ダウンロード <up date 2010.3.11> ContigAlignerのprimer設定方法を一部変更しました。BLASTinterfaceの動作を改善しました。

GenomeMatcher 1.4　ダウンロード <up date 2010.3.17> ContigAlignerのprimer設定項目を増やすなどしました。100%マッチを検出するプログラム「conserv」をメイン画面で実行可能にしました。conservはご自身で入手していただく必要があります(入手先 http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/~ngoto/CONSERV/)。

GenomeMatcher 1.413 ダウンロード <up date 2010.4.8>ヒットの向きに応じて2種類の色で、検出された相同性を表示できるようにしました。この表示モードにするには、環境設定画面のプルダウンメニューから「directional」を選択してください。コマンド+Kで開くwindow中の「reverse」keyおよび「foward」keyに指定した2色で描画されます。BLASTinterfaceに、双方向ベストヒットを解析する機能を付加しました。StringFormatterに、multi FASTA形式を、表計算シートに適合する形式に変換する機能をつけました。

GenomeMatcher 1.415 ダウンロード <up date 2010.5.17>あらかじめ実行したbl2seqの結果をロードして解析できるようにしました。メイン画面でbl2seqボックス内の「load」ボタンを押して、bl2seqの結果を含むファイルを選択します。「use loaded data」チェックボックスをオンにして、「compare」ボタンを押すとロードした結果が描画されます。読み込める結果ファイルはbl2seq実行時に「-D」オプションに0を指定したものです。

GenomeMatcher 1.416 ダウンロード <up date 2010.6.9>MassiveBlastについてバグを修正しました。

GenomeMatcher 1.5 ダウンロード <up date 2010.8.14>CONSERVについてバグを修正しました。

GenomeMatcher 1.502 ダウンロード <up date 2010.9.2>GenBankファイルの認識仕様を多少変更しました。

GenomeMatcher 1.503 ダウンロード <up date 2010.9.28>カテネーションモードで、multi-FASTAファイルを指定できるようにしました。

GenomeMatcher 1.504 ダウンロード <up date 2010.10.20>ContigAlignerのcontig間を増幅するprimerの出力に関する不具合を解消しました。

GenomeMatcher 1.505 ダウンロード <up date 2010.12.20> メイン画面で、「解析」→「配列を表示」→「X」または「Y」としたときに配列が表示されないバグを修正しました(OS10.6で生じるのバグです)。