GenomeMatcher project

色々なツールを作成しています。ニーズに合うものがあるか、お探しください。

ショートリードをk-mer (kは整数。例えば25-mer)の出現頻度にもとづいてトリミングする機能等があります。例えば100xのカバレージで読んでいる時に、1回しか登場しない25-merは、読み取りエラーと考えることができ、当該部分をリードから取り除いて出力します。ゲノムのdenovo assemble、リーシークエンス、RNAseqデータの解析等をする際の前処理に使えます。ダウンロードページ

リファレンスゲノムにはあるのに、リードデータには存在しないk-merを抽出します(missing k-mer)。
リファレンスゲノムにないのに、リードデータにはあるk-merを抽出します(emerging k-mer)。
イルイナメイトペアデータを処理して、メイトペアがお互いに向かい合った向きになるように出力します。アダプター部分を検出して、向きが適切になるように処理します。
リファレンスゲノムに対してリードをblastnします。ヒットの具合によってリードを7通りに振り分けます。例えばミスマッチ3塩基以内でヒットをするリードを出力します。
リードのID、または、DNA配列を指定して、fastqファイルから該当するリードを抽出します。

比較ゲノム機能に加えて、便利ツールが使えます。

StringFormatter: 文字列の処理機能です。よくある処理パターンを、ボタンを押すだけで実行できます。
RecordMatcher: 1対1に関連づけられたデータセット(例えば郵便番号と住所)について、一方(郵便番号)を複数指定して、もう一方(住所)を出力できます。
DataCounter: 文字列よりなる集合を扱う機能です。集合AとBに共通する要素、AあるいはBにしかない要素を出力します。要素の数を数えることもできます。
SequenceRetriver: ゲノムの指定位置の配列を出力します。複数件同時に指定できます。
ExtractFromGenbankFile: GenBank形式のデータを、エクセルシートで取り扱いしやすいように整形して出力します。
BLASTinterface: ローカルな環境でblastをかけられます。結果をエクセルシートで取り扱いやすいように整形することもできます。
PrimerFinder: primerの3'端の指定した長さが、ゲノムのなかでユニークであるようなprimer候補を出力します。
CompareSequences: 複数のゲノム配列を、相互に比較できます。特定の遺伝子に興味がある場合は右クリックから「search and focus」機能を使ってください。
GeneDrawer:エクセルシートで編集した数値データなどを元に、ゲノミックなコンテクストでグラフィックスを作成することができます。マニュアル。

~~GenomeMatcher 2.3 ダウンロード <update 2019.10.15>~~

macOS10.15「カタリーナ」でGenomeMatcherの一部機能(32-bitの外部プログラム使用部分)が機能しない問題があったため、これに対応したGenomeMatcher3をリリースしました。<update 2019.12.06>GenomeMatcher3のダウンロードはこちらから

ArcWithColor1.5　ダウンロード <update 2020.04.19>
ゲノムマップを描画するためのソフトです。手元にある位置データなどをグラフィックスに変換するのを支援します。GC含量、GC skew、他ゲノムとの比較データを算出する機能もついています。マニュアルをダウンロード。

変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動の代わりに、キャピラリーシーケンサーを使うと、DNAを基質とするような反応を簡便かつ高解像度に解析できます。フットプリンティング解析等に便利です。TraceViewerでは、あらかじめサンプルに混ぜておいたサイズマーカーを利用してサンプル間の泳動度の違いを補正します。マニュアル.

TraceViewer1.15　App Storeからダウンロードしてください <update 2022.10.18>