- チュートリアル1 基本的な使い方
- チュートリアル2 見た目の変更
- チュートリアル3 アノテーションの追加
- チュートリアル4 MUMmerの使い方
- チュートリアル5 blastp (tblastn) による配列比較
- チュートリアル6 dot matchの使い方
- チュートリアル7 ヒント集
- チュートリアル8 カテネーションモード
- チュートリアル9 外部配列のサーチ
<key words> ファイルのロード、解析範囲の指定、解析範囲の平行移動、シフト+ドラッグによる解析範囲の変更と解析、ズームイン、ズームアウト、bl2seqによる比較、イメージカラム中の絵の削除、イメージカラムの保存、parallel viewと2D view、注釈情報の参照、シンボル(矢印)の表示設定、矢印のタイトル
<key words> 線の太さ、グリッド線、カラースケール、相同性の分布図、シンボル(矢印)の色の変更、カラーキー、カラーキーと色の設定
<key words> 独自注釈情報、表計算シートで編集、アノテーション入力window、アノテーション入力形式、feature keyごとの表示設定、矢印のタイトルの表示・非表示、カラーキー
<key words> MUMmerのインストール、MUMmerプログラムの入ったフォルダのパスを指定、SNP/点変異の表示、MUMmerパラレル表示、MUMmerアライメント、PDF形式で保存
<key words>プルダウンメニューから実行、blastpの結果表示、パラレルビューでのblastpの結果表示、identityスコアの表示、相同性スコアの分布図、相同性のしきい値、クエリの長さの何%以上にわたってホモロジーがあったときにヒットにするか、PDF形式での保存。
<key words>ボタンのグレーアウト、dotmatchの解析範囲、塩基配列の表示、2つのword size、スームイン、ズームアウト、平行移動、平行移動距離の自動設定、windowの複製を作る、繰り返し配列の検索、PCR primerのデザイン。
<key words>meshモード、meshモードの存在理由、リセットボタン、ドラッグのキャンセル、blastpによる相互比較、ステップサイズ、画面に表示されている長さを表示
<key words> マルチレプリコンゲノム、進行状況を表示、レプリコン境界の線、ゲノム境界の線、複数レプリコンよりなる複数ゲノムの相互比較
<key words>blastnで外部配列を検索、blastpで外部配列を検索、tblastnで外部配列を検索、DNA配列を検索して全件出力、複数のDNA配列の検索、表計算シートに適合、ミスマッチを許容して検索、モチーフ検索