したいことから機能を探す
はじめに
このページはゲノム比較ソフトGenomeMatcherとその付属機能について、したいことからどの機能を使えば良いのかを提案するページです。
| したいこと | 推奨する方法/機能 |
| ゲノミックアイランドの位置を調べたい | メイン機能 / ArcWithColor / DinucleotideBiasSingature |
| 制限酵素部位を図示したい | メイン機能のlocation look upとGeneDrawerまたはArcWithColor |
| DNA配列からタンパク質をコードする部分を同定したい | CompreSequencesのアノテーション支援機能 |
| タンパク質の開始コドンの位置を見直したい | CompreSequencesのアノテーション支援機能 |
| 塩基の点変異を図示したい | メイン機能でMUMmer(nucmer)で検出されたSNPを表示 |
| 遺伝子群の絵を描画したい | GeneDrawer、メイン機能でグラフィックスを出力 |
| 自分のパソコンでBLASTをかけたい | BLASTinterface。データベースの作成機能がMassiveBlastに。 |
| タンパク質の相同性を調べたい | CompreSequencesの相同性スコアテーブル出力機能など |
| 挿入配列の末端を見つけたい | DotMatch: 同じ配列をX、Y両方に読み込むと良い |
| CRISPRを同定したい | DotMatch: 同じ配列をX、Y両方に読み込むと良い |
| 転写終結配列を同定したい | DotMatch: 同じ配列をX、Y両方に読み込むと良い |
| oriTを同定したい | DotMatch: 同じ配列をX、Y両方に読み込むと良い |
| 複製開始点を見いだしたい | DotMatch: 同じ配列をX、Y両方に読み込むと良い / ArcWithColorのGC-skew |
| DNA結合タンパク質の結合モチーフから結合部位を見いだしたい | メイン機能のlocation look upでmotif search |
| 同じではないが似ている配列(モチーフ)を探したい | メイン機能のlocation look upでmotif search |
| 複数のゲノム配列を相互に比較したい | メイン機能のcatenation modeあるいはCompreSequences |
| ゲノムの構造の違いを描画したい | メイン機能 |
| DNA配列中の相同部位を可視化したい | メイン機能 |
| マイクロアレイの結果を絵にしたい | GeneDrawer |
| ゲノムから外来領域をみつけたい | メイン機能 / ArcWithColor / DinucleotideBiasSingature |
| 特異性の高いprimerをデザインしたい | PrimerFinder |
| GenBank形式/DDBJ形式のファイルから情報を抜き出したい | ExtractFromGenBankFile |
| 位置を指定してDNA配列の部分配列を取得したい | SequenceRetriver |
| 改行コードを確認/変更したい | StringFormatter |
| 検索置換を沢山したい | StringFormatter |
| 表計算シートで処理できない処理をなんとかしたい | DataCounter / RecordMatcher |
| 大量の配列をBLASTにかけたい | MassiveBLAST (ヒットする配列の抽出のみ) |
| 数値データをもとにグラフィックスを作成したい | GeneDrawerかArcWithColor |
| FASTA形式に変換したい | StringFormatter |
| 複数の配列を相互に比較したい | CompreSequences |
| solexaのファイルをFASTA形式にしたい | MassiveBLAST |
| BLASTのデータベースを作りたい | MassiveBLAST |
| 相同性の分布図を作りたい | 比較後、環境設定で表示される |
| ゲノム中をコードされているCDSに基づいて比較したい | メイン機能 |
| 相同性が検出されない部分がどうなっているのか調べたい | メイン機能でアラインメントを出力 / DotMatch |
| 2つの配列のアラインメントを作りたい | メイン機能 |
| 50Mbを超えるような長大な配列を比較したい | メイン機能のmesh mode |
| 文字データがそれぞれいくつあるのか数えたい | DataCounter |
| 集合の片方にしかない要素を調べたい | DataCounter |
| 集合の両方にある要素を調べたい | DataCounter |
| GenBankファイルから全アミノ酸配列データを抽出したい | ExtractFromGenBankFile |
| GenBankファイルから全遺伝子のDNA配列を得たい | ExtractFromGenBankFileとSequenceRetriver |
| GenBankファイルから16S rRNAの遺伝子の配列を全て得たい | ExtractFromGenBankFileとSequenceRetriver |
| 2種のprimer配列がprimer dimerを形成するか調べたい | PrimerFinder |
| primerがゲノム全体に対して特異的か調べたい | PrimerFinder |
| primerのアニーリング温度を計算したい | PrimerFinder |
| 遺伝子の配列がゲノム全体から偏っているか調べたい | DinucleotideBiasSingature |
| たくさんあるコンティグをリファレンスゲノムと比較したい | multiFASTAMode |
| multi FASTAファイルに対してBLASTをかけたい | BLASTinterFace |
| ゲノム全体に対して特異的なprimerを設計したい | PrimerFinder |
| GC含量をプロットしたい | ArcWithColorとGeneDrawer |
| ゲノムのサーキュラーマップを描画したい | ArcWithColor |
| プラスミドマップを描画したい | ArcWithColor |
| ジヌクレオチドバイアスシグネチャーをプロットしたい | ArcWithColorとGeneDrawer |
| 遺伝子の隙間についてORFを抽出したい | CompreSequencesのアノテーション支援機能 |
| 遺伝子の周辺構造の保存性を調べたい | CompreSequences |
| 表計算シートで、検索を繰り返すのが面倒 | RecordMatcher |
| リストから目的のものを探す操作を繰り返す | RecordMatcher |
| DDBJのMass Submission Systemの要求する形式に変更したい | StringFormatter |