微生物遺伝研究室
Laboratory of Microbial Genetics and Genomics
東北大学大学院生命科学研究科分子化学生物学専攻

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エクセルのヒント集をつくりました。ご利用下さい。

drawGeneArrows3

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遺伝子の絵をスケール通りにたくさん描くのに一日費やしている人はいませんか?
もううんざりという方はこちらをどうぞ。
Excellシートに遺伝子の開始位置、終了位置などのデータを入力すると一度に簡単に矢印が描けます。
GenomeMatcherを利用するともっときれいに描けます。Macユーザーの皆様はGenomeMatcherの利用もご検討下さい。

translateDNASequence

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このエクセルブックには、ユーザー定義関数が含まれています。 <更新2007.9.11> 。
含まれている関数はDNA配列の相補鎖を返す関数「comp」とDNA配列中の指定した範囲を翻訳して返す関数「honyaku」です。
翻訳コードはバクテリアのモノです。詳しくはダウンロード後にRead Meを見てください。

tm

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このエクセルブックには、ユーザー定義関数が含まれています。
含まれている関数はDNA配列の推定Tm値を返す関数「Tm」です。短い配列では計算結果がそれらしい値になりません。

マクロ「コンセンサス」と「異なるところに色を塗る」

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このエクセルブックには、DNAの多重配列アラインメントからコンセンサスを求めるマクロと、コンセンサスと異なる部分に着色するマクロが含まれています。

Needleman–Wunschによるスコアとアラインメントを求める関数

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このエクセルブックには、Needleman–Wunschによるスコアを求める関数とアラインメントを求める関数が含まれています。

アルゴリズムの解説付きです。

2列に格納したデータを、multi fasta形式に変換するマクロ

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配列の名前と配列を1行で管理したいわけですが、そうするとmulti FASTA形式に変換するのが大変になってしまいます。

このエクセルブックに含まれるマクロは、multi FASTA形式に変換してペーストボードにコピーします(ペーストしてお使いください)。

その他

GenomeMatcherはDNA配列比較ソフトウエアですが、それ以外にも有用な機能がついています。ご活用ください。

付属機能のRecordMatcherはkeyとvalueからなる連想配列を扱うグラフィカルユーザーインターフェース(GUI)です。keyとvalueからなる1対1で関連付けられたデータから、keyを指定してvalueを得ることができます。例えば、 以下の表のような関係を入力しておき、003で問い合わせると'GenomeMatcher'が返ります。keyは複数同時に指定できます。

付属機能のdataCounterは、2つの集合AとBのそれぞれの要素(文字列)を入力すると、Aのみに含まれる要素、Bのみに含まれる要素、AとBに共通して含まれる要素を返します。データの数を考慮しないモードと考慮するモードの2つの動作モードがあります。要素Xが集合Aに2個、集合Bに3個あった場合、データの数を考慮するモードでは、AとBに共通して含まれる要素としてXが2個、Bのみに含まれる要素としてXが1個返されます。データの数を考慮しないモードでは、AとBに共通して含まれる要素としてXが返されます。