我々のグループでは、異質倍数体種でRNA-seqやリシークエンシングを高精度で行うために、バイオインフォーマティックな手法の開発を行ってきています。

これまでの多くの論文では、2倍体用に開発されたSTAR, KallistoなどのRNA-seq手法をそのまま異質倍数体種に当てはめてられていました。そこで、これらの手法の精度をシロイヌナズナ属異質4倍体ミヤマハタザオと、6倍体パンコムギのRNA-seqデータを用いて定量しました。その結果、Kallistoなど2倍体用の手法は計算速度が短いものの、10％もの頻度で誤ったサブゲノム（親ゲノム）にマッピングしてしまうことが分かりました。

一方、我々が開発してきたHomeoRoq、EAGLE-RCなどのサブゲノムに分類する手法では、マッピングの誤りは1％程度と高精度であることが示せました。マッピングの精度の違いは、ホメオログ（相同遺伝子）の発現比率や、発現変化など、下流の生物学的な解析の精度に直接影響を及ぼします。これらの結果は、異質倍数体ではたとえ高精度ゲノムアセンブリが存在していても、RNA-seqなどの解析では2倍体と同様には扱えず、サブゲノムに分類する手法が必須であることを示しています。

＜発表論文＞

Tony C Y Kuo, Masaomi Hatakeyama, Toshiaki Tameshige, Kentaro K Shimizu, Jun Sese; Homeolog expression quantification methods for allopolyploids, Briefings in Bioinformatics, , bby121, https://doi.org/10.1093/bib/bby121