パネルのコンテクストメニュー

メイン画面でのコンテクストメニュー

1. invert panel : パネルをひっくり返します。
2. call contigs for 5' : 5'側で繋がっているコンティグを近傍に呼び寄せます。
3. call contigs for 3' : 3'側で繋がっているコンティグを近傍に呼び寄せます。
4. show connections : このコンティグと繋がっているコンティグとの間の繋がりを表示します。
5. hide connections : このコンティグと繋がっているコンティグとの間の繋がりを隠します。
6. find path to 5': 5'方向について、繋がっているコンティグを連続的に呼び寄せます。ただし、順に探していって、ルートが2つ以上に分岐したところまでです。
7. find path to 3': 3'方向について、繋がっているコンティグを連続的に呼び寄せます。ただし、順に探していって、ルートが2つ以上に分岐したところまでです。
8. show sequence: このコンティグのDNA配列を表示します。配列を編集後、編集を有効にするには、「fix edited sequence」ボタンを(編集windowにあります)押す必要があります。またこの際、同じ名前のコンティグ全てについて、保持している配列データが更新されます(スキャフォールドの配列は変更されません)。
9. export 5' matching reads and sequence: コンティグの5'末端の一定の長さの配列と、その範囲に含まれるリードと、そのリードのペアとなる配列を別windowに出力します。
10. export 5' matching reads and sequence: コンティグの3'末端である点以外上と同じです。

コンティググラフ中でのコンテクストメニュー

コンティググラフ中では、同じ課題シート上にあるコンティグのみがcall contig、find pathの対象になります。

1. remove: この課題シートからコンティグを除きます。不可逆的ですので気をつけてください。
2. set state to edge: コンティググラフ中での状態を、edgeにします。コンティググラフの中で、各コンティグはedgeかnodeのいずれかの状態が与えられます。edgeには緑の枠、nodeにはマゼンダの枠がつきます。edgeはコンティググラフの縁に存在するコンティグ、nodeはそれ以外のコンティグです。454Finisherではedgeから(nodeを経由して)edgeにたどり着く経路を探索するようになっています。このコンテクストメニューを実行すると、既存のprimer対戦表は廃棄され、新たに対戦表が作られます。
3. set state to edge: コンティググラフ中での状態を、nodeにします。

スキャフォールドパネルのコンテクストメニュー

load sequence to viewer: シーケンスを表示します。配列を編集できますが、変更を有効にするには、「fix edited sequence」ボタンを押す必要があります。また「fill gap in scaffold」ボタンを押したときは、それまでの編集がfixされます(警告が表示されます)。この際、変更は、変更箇所に相当するコンティグパネル中の配列には反映されません。