東北大学大学院生命科学研究科 植物分子育種分野 渡辺研究室

News Release

【研究成果】大規模発現データ解析による新規恒常的発現遺伝子の同定解析をGenes Genet. Syst.に発表(国内5研究室との共同研究; 10/13)

2016年10月13日 (木)

 研究室のメインテーマは、アブラナ科植物の自家不和合性における自他識別機構の解明ですが、それに関連して、その時代に合わせて、ESTsMicroarray次世代シークエンサーによる解析を行ってきました。その中で見つけたおもしろい遺伝子もいくつか解析してきました。また、われわれが収集したdataを他の大規模発現データと融合したら、もっと興味深いことはできると思いつつも、計算機を動かすことが苦手で。。。

20161013180927-9ef538622aead5f80409fc10d2b9564bd12bfe5a.JPG そんなインフォマの世界をコラボ頂いているのが、明治大・農の矢野先生。今回は、国内5研究室で有しているdataを含めて、publicなdataも統合しつつ、植物種ごと、あるいは、植物種を超えて、恒常的発現遺伝子を見つけることができれば、targetしている遺伝子がどれくらいの発現なのかを容易に比較することができるわけです。ということで、明治大・農の矢野先生が統括頂き、共同研究で行いました(Kudo et al. (2016) Identification of reference genes for quantitative expression analysis using large-scale RNA-seq data of Arabidopsis thaliana and model crop plants. Genes Genet. Syst., 91: 111-125., https://www.jstage.jst.go.jp/article/ggs/91/2/91_15-00065/_article)。この論文は、pdfを freeでdownloadできますので、興味のある方はぜひ、ご覧頂ければ、幸いです。

20161013180958-73576d9a69f360d8a4fde59ee2041a149b345802.JPG なお、このGenes Genet. Syst.の91巻2号は、科研費・新学術領域研究「ゲノム・遺伝子相関(Correlative Gene System: Establishing Next-Generation Genetics )」の特集号として、編纂されています。この記事の1つ前に掲載していますが、イネ耐冷性と低分子RNAとの連関解析の論文も掲載されています。そちらの記事も参照下さい。

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わたなべしるす