ポータルサイトトップページ
ExtractFromGenBankFile (GenomeMatcherのアクセサリツール)

ExtractFromGenBankFileは、GenBankファイルから、情報を抽出するためのアプリです。

GenomeMatcherのアクセサリツールです。アクセサリメニューから起動してください。

ExtractFromGenBankFileの特徴

注釈付きのゲノム配列情報は、NCBIや遺伝研からダウンロードすることができます。GenBank形式のデータは、人にとっては見やすいですが、そのままではエクセルなど表計算シートで取り扱うことが困難です。

ExtractFromGenBankFileは、GenBank形式のデータファイルから、表計算シート腕で取り扱いやすい形式にデータを整形するツールです。

使い方

まず、GenBankファイルを選択します。

選択すると、このGenBankファイル中でで使用されている、Feature keyとqualifierが出力されます。Feature keyは例えばCDSとか、repeat_unitなどです。qualifierは、例えば、noteとか、translationなどです(GenBankファイルをテキストエディットなどで開いてご確認ください)。

出力したいFeature keyとqualifier以外を、消し、実行ボタンを押してください。

表示されたテキストデータは、エクセルシートなど表計算シートに貼り付けるための形式になっています。コピーして貼り付けてください。

Feature keyとqualifierの設定は1つだけ保存することができます。保存するには左下にある「現在のセットを記録」ボタンを押してください。現在のセットを再生するには「記録からセットを再生」を押してください。

使用例

GenBankファイルを読み込んで、rRNAとtRNAの情報を出力した例です。位置情報として、ゲノム中の開始位置、終了位置、向き、が出力されます。開始位置 < 終了位置です。向きは1か-1です。

なお、GenomeMatcherの別のアクセサリツール「SequenceRetriever」を用いると、位置情報から、配列を取得できます(複数を一括処理可能)。

また位置情報を元に、スケール通りの絵を描くエクセルマクロが便利です。これらの使用も合わせてご検討ください。

共同研究

研究遂行上、データ処理が困難な場合などプログラミングが必要な場合、メールにてご相談ください。特に既存のツールなどで処理できない新しいアイデアに基づくデータ処理のコーディングに興味があります。科研費などプロジェクト分担者などへの参加依頼も歓迎します。

バグレポート

本ソフトウエアは無保証です。バグを見つけましたらご報告いただけますと助かります。

作者: 東北大学大学院生命科学研究科 准教授 大坪嘉行

yoshiyuki.ohtsubo.a6[アット]tohoku.ac.jp

引用

本ソフトウエアを利用した成果を公表する場合、以下の論文を引用してください (ExtractFromGenBankFileはGenomeMatcherプロジェクトに属しています)。

Y. Ohtsubo, W. Ikeda-Ohtsubo, Y. Nagata and M. Tsuda: GenomeMatcher: a graphical user interface for DNA sequence comparison. BMC Bioinformatics 9: 376 (2008)

ご寄附のお願い

作者は現在、新型コロナウィルスを2分程度で検出可能な迅速検出法の構築を目指しています。これまでに新型コロナウィルスに結合するDNAアプタマーを取得し、これを複数装荷した分子を作製しているところです。このような分子はコロナルウィルスが存在すると凝集体を形成させ、これを容易に検出できるものと期待しています。これまで複数の研究助成などに応募してきましたが、残念ながら研究費の獲得に至っておりません。この研究を続けるため、私の研究室へのご寄附をご検討いただければ幸いです。

寄附金は、新型コロナウィルス関連の研究ならびにソフトウエア開発などの研究教育を目的とした活動に有効に利用させていただきます(大学によって通常の研究費と同等に管理されます)。寄附金についての本学での取り扱い、税制上の優遇措置などについてはこちらをご覧ください。

ご寄附頂ける場合は、専用の様式にご記入いただき、東北大学生命科学研究科会計係までメールにてお送りください。ご検討のほど、よろしくお願いいたします。

様式はこちらからダウンロードしてください。メールアドレスはlif-kaik[at]grp.tohoku.ac.jpです。

作者プロフィール: 環境細菌の研究を進める一方で、様々なソフトウエアを作成、公開している。