StringFormatterは、文字列を整形するためのアプリです。Stringは文字列のことです。

GenomeMatcherのアクセサリツールです。アクセサリメニューから起動してください。

StringFormatterは、よくあるパターンの文字列処理をGUIで実行可能なアプリです。データを貼り付け後、ワンクリックで実行できる機能が複数あります。

文字列を貼り付けて、お好みの機能を使用してください。

なお、文字列を貼り付けると、3種類の改行キーがそれぞれ何回使用されているかが表示されます。

表計算シートは複数のデータを取っておくのに便利です。例えば、DNA配列を以下のような形式で取っておきたいと思うはずです。

 

ところが、この表計算シート上の形式は、表計算シートの機能を使うには便利である一方で、とても困ったことがあるのでした。それは、多くのプログラムがmFASTA形式を入力データの形式として要求するということです。表計算シートで編集したデータを、mFASTA形式に一括で変換できるのがこの機能です(逆変換もできます)。

ソフトウエアやツールによっては、改行キー(改行文字)が適切でないと、期待通りに動作しないことがあり、改行キーを理解しておく必要があります。改行キーには、"\r"、"\n"の2つがありますが、StringFormatterでは、文字列を貼り付けるだけで、使われている改行キーが左下に表示されます。改行キーは、ボタンクリックで変更できます。また、改行キーを含む文字列を、他の文字列に変更することができます。

1. 複数同時置換機能 Aを1に、Bを2に、といった複数の検索置換を一括変換できます。

2. タブ文字("\t")を変換できます。エクセルシートで左右に隣り合うセルをコピーすると、間にタブ文字が入ります。

3. 文字列を1文字ずつタブ文字で区切る機能があります。アミノ酸配列を、1文字ずつ区切ってエクセルシートにペーストすれば、1アミノ酸ずつセルに入ります。

4. 連続する2つ以上のスペースを1つのスペースに変換する機能

5. 連続する2つ以上の改行を1つの改行に変換する機能

6. NGSのデータ形式であるFASTQ形式を、mFASTA形式に変換する機能

7. mFASTA形式を、エクセルシートに適合する形式に変換する機能

お試しください。

研究遂行上、データ処理が困難な場合などプログラミングが必要な場合、メールにてご相談ください。特に既存のツールなどで処理できない新しいアイデアに基づくデータ処理のコーディングに興味があります。科研費などプロジェクト分担者などへの参加依頼も歓迎します。

本ソフトウエアは無保証です。バグを見つけましたらご報告いただけますと助かります。

作者: 東北大学大学院生命科学研究科 准教授　大坪嘉行

yoshiyuki.ohtsubo.a6[アット]tohoku.ac.jp

本ソフトウエアを利用した成果を公表する場合、以下の論文を引用してください (ExtractFromGenBankFileはGenomeMatcherプロジェクトに属しています)。

Y. Ohtsubo, W. Ikeda-Ohtsubo, Y. Nagata and M. Tsuda: GenomeMatcher: a graphical user interface for DNA sequence comparison. BMC Bioinformatics 9: 376 (2008)

作者は現在、新型コロナウィルスを2分程度で検出可能な迅速検出法の構築を目指しています。これまでに新型コロナウィルスに結合するDNAアプタマーを取得し、これを複数装荷した分子を作製しているところです。このような分子はコロナルウィルスが存在すると凝集体を形成させ、これを容易に検出できるものと期待しています。これまで複数の研究助成などに応募してきましたが、残念ながら研究費の獲得に至っておりません。この研究を続けるため、私の研究室へのご寄附をご検討いただければ幸いです。

寄附金は、新型コロナウィルス関連の研究ならびにソフトウエア開発などの研究教育を目的とした活動に有効に利用させていただきます(大学によって通常の研究費と同等に管理されます)。寄附金についての本学での取り扱い、税制上の優遇措置などについてはこちらをご覧ください。

ご寄附頂ける場合は、専用の様式にご記入いただき、東北大学生命科学研究科会計係までメールにてお送りください。ご検討のほど、よろしくお願いいたします。

様式はこちらからダウンロードしてください。メールアドレスはlif-kaik[at]grp.tohoku.ac.jpです。