東北大学大学院生命科学研究科 植物分子育種分野 渡辺研究室

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研究室ダイアリー

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若手の会@レクトーレ湯河原

2019年10月30日 (水)



お久しぶりです。M1矢野です



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10/27-29の間 神奈川の湯河原で開催された若手の会に参加してきました。



湯河原駅 .jpg

こちらが、開催場の最寄りの湯河原駅。某匠が活躍するリフォーム番組に出てきそうな作りですね。(感受性豊かで博識な人なら、木の温かみがある建築と明朝体で書かれた駅名がマッチしていて素晴らしい。さすがは新国立競技場も手掛けた隈研吾さんのデザイン!!ぐらいの感想を持つそうです。)

ちなみに少し見切れていますが手前に手湯もあります。


二人部屋.jpg

そしてこちらが、今回宿泊する宿。あれ?何かがおかしい、、、浴衣が二着。

と思っているとガチャリとドアが開いてはじめましての人が登場。相部屋でした。

なかなか珍しい経験になりました。



BBQ.jpg

二日目はひたすら口頭発表を聴くだけと思っていたら昼食にBBQ!

ほとんど同席した方々が焼いてくれました。(一応矢野も肉を焼いています)

外で食べるお肉は格別!

BBQ奉行のうちの一人、京大・K君と話していると、なんと彼は去年まで大教(鈴木研)にいたそうです。

ちょうどなべ研には僕たちと入れ替わる形で大教の方々が来ているとのこと。意外なご縁もあるものですね。



卓球 .jpg

彼とはその後、卓球をしたりするぐらい仲良くなりました笑

(※わかりにくいですがちゃんと右手にラケットを握ってます)




そして本題の口頭発表(特別講演)

中でも印象的だったのが、イネの体内時計に関する遺伝子群に対するインフォマ解析のお話(東大・井澤先生)とタンパク質の構造予測について。


イネは野外環境においても30分程度の日長差を反映することがわかっており、<時間と日長を正確に反映する遺伝子の発現量>2つに対して確率密度を求めることで、そのサンプルが何時に採取されたかを求めれるそう。またこれの応用で開花日や収量の予測も行えるとか。バイオインフォマ等の技術は持て囃されるんだろうと、しみじみ感じました。(お金の匂いがプンプンしますし笑)


タンパク質の構造予測では①部分的に似ている構造を持つ既知のタンパク質を指標とする予測、②ab initioモデリング、③ ①②の複合があり、①は構造の方が機能よりも保存されやすく、30%以上の配列同一性があれば意味のある予測ができるそうで、指標となる既知タンパク質さえあれば(Swiss-Modelなどのツールを利用して)素人でも使えると。矢野の扱っているタンパク質についても利用できるのか、検討してみたいです。


その後のポスター発表では、GA合成酵素の阻害剤をその構造をもとにして探索している方がいて、学部時代を思い出しつつディスカッションしました。

先生方が発表者に質問されているのを見て、「ポスター発表とはこんなふうに質問するのか」と思ったり、聞き手とコミュニケーションを取りながら、さらには疑問を投げかけながら発表される方がいて勉強になるな(この方はポスター賞を取ってました)と思ったりしました(聞き手とのコミュニケーションというのはポスター形式だからこその利点ですね)



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その他にも色々なエピソード(だいぶ割愛してます)、出来事、収穫のあった、とても濃い3日間でした。

写真は東京駅で食べた天津飯(3日間を振り返りながら食べてました)




最後に、、、

「準天然温泉って温泉じゃないでしょ!」

とか言っていたら入浴する機会をすっかり逃して3日が過ぎていました 笑

なにはともあれ、とてもいい経験になりました。機会があればぜひ来年も!

M1矢野

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お土産ありがとうございます(屋久島とうどん)

2019年10月23日 (水)

 全国に出前講義にいかれる渡辺教授ですが、先日の屋久島は初(だったはず)。今回はそのお土産を紹介しようと思います。また、先日頂いたうどんについても紹介します。

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 写真の右下が屋久杉のしおりです。屋久杉は天然記念物として40年以上前に伐採が禁じられましたが、現在は倒木や土埋木が材として利用されています。屋久杉は、通常より6倍以上の樹脂を含んでおり、腐敗しづらく香りが強いという特徴があります(土埋木の中には江戸時代に伐採されて放置されているものもあるそう)。この小さなしおりからも、屋久杉の香りが消えずに感じられました。屋久島に行ってないけど行った気分になれる気がします。屋久杉材は土埋木の減少とともに年々流通量が減っているそう。貴重な品をありがとうございました!



 写真左三つが屋久島永田の塩クッキーです。箱はきれいな屋久島の浜の写真でレイアウトされていて、印象的ですね。ヘーゼルナッツの入った、口当たりの軽いクッキーです。すべて屋久島のお母さん方が手作業で作っているそうで、機械では出ないさっくり感が特徴とのこと。永田浜はウミガメの産卵で有名な浜で、そこで取れた塩を隠し味に使っています。それでクッキーの形もウミガメ型なんですね。私は、ちょっとかわいそうな気がしましたが、一口で頂きました。トースターで炙っても美味しいとのこと。今度やってみよう。写真にはありませんが、屋久島産の緑茶(茶の南限なんですって)とも相性バッチリです!



 最後に、右上の写真は、渡辺教授が愛媛に行かれた時のお土産、半生タイプの讃岐うどんです。先日、大きな寸胴鍋でぐつぐつ茹でて、皆でおいしく頂きました。天ぷらと卵・ネギなどを伊藤さんがSEIYUで買ってきて下さり(ありがとうございます!)、とても豪華なうどんになりました。コシがあって、本場のうどんはひと味違うおいしさでした!ごちそうさまでした!



 本来、もうすぐ秋のソフトボール大会があるのですが、今年の生命科学研究科のソフトボール大会は中止、芋煮のみになってしまいました。先日の台風19号の被害で、広瀬川牛越緑地運動広場が冠水してしまい、年内は使えないのだそうです。仙台でも、1階が冠水したとか、崖が崩れたとか、ちょいちょい聞きます。地盤が緩んだところに雨が降って、二次災害につながらなければよいなあ、と思っています。被害に遭われた方、お見舞い申し上げます。一刻も早く日常が戻られますように。そして、今後の雨風にもどうかご注意くださいね。





マスコ

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【アウトリーチ活動】屋久島町立安房小学校、屋久島町立宮浦小学校・特別講義、市内小学生・研究室見学(10/15, 16, 22追記)

2019年10月19日 (土)

 この記事を書いているのが、台風19号が通過した週の土曜日。小学生の頃に、すごい台風が来て、雨漏りがしたり、庭の木々が折れたのを思い出すのですが、その時の台風よりも今回の台風19号の方がすごかったような。今回の台風19号での被害から1日も早い回復を祈るばかりです。北陸新幹線は25日には全線再開とか。。水没した映像を見たとき、どうなるのかと思っていましたが。。。

 そんな台風一過の月曜から鹿児島・屋久島への出前講義。今回は、屋久島環境文化財団・屋久島環境文化研修センターとのコラボで、島内の2つの小学校へ。いつもであれば、5, 6根年生対象が多いのですが、今回は3, 4年生に。屋久島という暖地で「リンゴ」の話というのどうかと思いましたが、。。。リンゴなどは、センターで準備頂きました。また、講義をhelpしてくれたのが、屋久島環境文化財団のキャラクターの「まるりん」。島の子どもたちにはとても人気でした。おかげで講義もactiveなものになりました。ありがとうございました。

20191019220018-0ce26401d99788f2074a11452d515103d7ba26fe.JPG20191019220728-559c5bda80969a84ef5a3bd82bc8951278282452.JPG20191019220741-46a481b80992b9494fcf4cf781c44128161794f0.JPG
 10/15(火):屋久島町立安房小学校・特別講義「花の不思議な世界」

 最初に伺ったのは、屋久島空港の南側にある安房小学校。安房港から山手の方に行ったところにある小学校。玄関先には、大きな「屋久杉」が。脇にある椅子の大きさと比較頂ければ、その大きさが分かるかと。講義が始まるまでに、永田校長先生、麓教頭先生、センターの方を交えて、今日の講義について概略であったり、ここで講義をするきっかけなど。教室の机、椅子は屋久杉を使ったものなのか、とてもniceなもの。

20191019220040-1ed758243159afceb38653520d26a1d626145ad1.JPG20191019220057-6b20742e98e2014170ee122eddbf222ef20c6f31.JPG 4年生だけに「花の不思議な世界」を講義するのは、はじめでてないかと。幅広く、学年をまたいでと言うのは、仙台市立作並小学校今治市立関前小学校・中学校上島町立魚島小学校・中学校ではあったのですが、そんな心配もどこへやら。花の名前から積極的だけでなく、よく知っていたのが感動。さらに、花粉管発芽、花粉管伸長のところも、考えながら、しっかりこたえてくれたのが、niceでした。また、これというのを答えても間違っているな、あるいは、説明が十分にできないと思ったら、潔く、次の友達にバトンタッチ。現在行われているラグビーW杯の流れるようなパスがつながるような。

20191019220119-ff33674333e67ffa105c71f0e8b32fd50336dd52.JPG20191019220129-ef98e5e3422c1d833b754c16a9a7a321015aac76.JPG20191019220151-92d6daa1ee48ba8265532b09a592962a2d90bb7e.JPG 花粉管伸長、自家不和合性の動画はここでも感動の嵐。「へーーー」という言葉の連続。自家不和合性という形質が必要な理由もしっかり答えてくれて。また、黄色いリンゴが増えてきていることを考えたり、考える「理科」をしっかりと体感して、実現できているのがとてもniceでした。講義が終わったところで、代表の方から今日の講義の感想とお礼の言葉。ここまではよくあるのですが、最後にクラス全体で「ありがとう」という感謝の歌をうたって頂きました。はじめてのことで、感動、感動でした。ありがとうございました!!

20191019220358-2e2f20844d6e9cb1294b9f0f3c4bafc882b4f584.JPG20191019220411-8e97d1a3b93a31f6070f86e99844893eeaa0bdac.JPG20191019220422-9feaf6debb3cb45deeca18fb0bb9657473d73c39.JPG20191019220434-9d0a9c4c6225fdb604337568002ab26d38196ac0.JPG PS. 講義の2コマの間、講義が終わったあとに、多くの児童の方々が質問だったり、サインを求められたり。講義でもそうでしたが、それ以外のところでもとてもactiveで。また、東北から来たという方も。世の中、不思議なところでつながっているのだなと。また、玄関先に教訓が。「日々努力せよ 他人につくせ 計画をたてて実行せよ」という言葉が。その重みの大きさを実感して、実行しないといけないと。ありがとうございました。とても刺激的でした。

20191019220224-1782f94e3e408d1cf122feffafb019a656b22f60.JPG20191019220245-6ee75f951e8ae2803657b88780515ee947e6d3e2.JPG PS.のPS. センターの近くには、屋久杉の歴史などを展示した施設・屋久島町屋久杉自然館も。その歴史を知ると、それはないだろうと言うことだったり、その年輪に刻まれた歴史のすごさも。ここでも植物のすごさに感動でした。

20191019220305-89f092ce6e9a7103ac3f9c3dca555eb92b5b144a.JPG20191019220318-3b3bfa7c0878b4020bd0ee44e41ed0f57d7103e4.JPG PS.のPS.のPS. 島内の道路沿いには、たくさんのアメリカセンダングサが。秋になると、枯れた種子を投げて遊んでいたような。島内の子どもたちも同じようにやっているのは、自然の恵みを活かしているなと。さらには「オナモミ(オオオナモミ、イガオナモミかも)」を知っていると。よく遊び、よく観察していると感動でした。

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 10/16(水):屋久島町立宮浦小学校・特別講義「花の不思議な世界」


 前日が安房小学校。翌日は、鹿児島港からのメインの港が近い宮浦小学校へ。前日の曇りから、少し雨模様。屋久島では、天気予報で「晴れ」であっても、予報の場所以外では雨が降るとか。玄関先には、この小学校の子どもたちに求める3つの言葉「智恵出せ 汗出せ 力出せ」と。朝から力を頂きました。また、welcome boardもお出迎え。ありがとうございました。講義の前に、少しだけ、鍋田教頭先生とお話の時間。ありがとうございました。

20191020100401-eb9d9603f843b9206e70d3e887217dc690279894.JPG20191020100432-dd441923ed3fe1826019f78f5f19471836156347.JPG さて、講義は、3, 4年生の合同と言うことで体育館で。この日の講義でもキャラクターの「まるりん」が講義のお手伝い。渡辺の自己紹介の後、花の名前もよく観察できていました。もちろん、オナモミも。自然の中での生活が大事なことを改めて実感。

20191020100819-b7b42b97d2531e790b9445dc6bf17aebaef945d1.JPG20191020100832-ee0875ee1d9f35c86b3b07bc24e9853c5a70a9d8.JPG20191020100854-95fd5d07940904d966601df5f8816323ac477feb.JPG 花粉発芽、花粉管伸長の動画。4年生でヘチマを使って、花のことを学ぶと思うのですが、3, 4年生への講義でしたが、そのからくりを考えながら、発表してくれたのは、とてもniceでした。リンゴ果実の生長で「摘果」をする理由もしっかり考えていました。さらに、リンゴ品種が変化していることへの危機感。時代によって変わることはあるかも知れないけど、防ぐことができるなら、赤いリンゴが残ってほしいと。

20191020100912-128ca70d70bf463fb2346cb6540070635233c53d.JPG20191020100934-07ee949ebeb12bb59bc5314b75306eedb4a2221e.JPG20191020100955-8287eba0c4f374af57635e21509d6efd17fa64de.JPG 自家不和合性の動画はもちろん、感動してもらうことができ、その理由もこの学年には難しい内容でしたが、みんなでfollowして、よく考えていました。最後はリンゴ果実の縦断面、横断面の観察。普段は縦断面のはず。横断面というようないつもやらないことをやってみてほしいと。講義が終わったところで、代表の方からお礼の挨拶。とてもしっかりしていました。屋久島の自然をしっかり観察して、頑張って下さい。

20191020101019-a66006df58b138a892234066fa50855566817140.JPG20191020101031-af594d74e221913e69b33042df1bbcb6dd2f0a55.JPG 最後になりましたが、2日間、屋久島環境文化財団・屋久島環境文化研修センターの讃岐様をはじめとする関係の皆さんにはたくさんのサポートを頂きました。ありがとうございました。また、こうした機会があることを楽しみにしております。

20191020101050-11d282e48d0dc89fdebd8255570509d45ea4a55d.JPG20191020101102-458ea31bde652df0b51901b4d7fe5a164bbfcb77.JPG PS. 今回のコラボの講義について、南日本放送南日本新聞から取材が。この記事を書いている時点で、web上などで、配信記事を見つけられないのですが、分かり次第、また、このHPからお知らせします。


 10/22(火):仙台市立荒巻小学校、北仙台小学校児童・研究室見学「植物の不思議な世界」

 秋雨と言うよりも、冬が近くなった気温の低い雨。そんな10月22日(火)「即位礼正殿の儀」で祝日に。午前中に市内の小学生2名が研究室を見学。植物が好きだと言うことで、自宅でも植物を栽培しているとか。

20191023131403-951873662e4bc69b36bdbb268b6becd853f1a329.JPG 2年生と言うことで、何から話をすればよいのか、まずは「動く遺伝子」を色で示しているトウモロコシ。「動く」、「遺伝子」と言っても、理解が難しいのだと思いますが、種子もお渡ししたので、来春に播種すれば、また、違ったパターンで育つかと。また、昔、沖縄に行った時に手に入れた「モダマ」。大きなマメができているのには、びっくりだったようで。いずれ、研究室にある「植物」に関する本を見てもらったり。アサガオとか。お二人ともこの年代から英語を学んでいるとか。渡辺の論文の別刷を渡して、時がきたら、読んでもらえればと。。。

20191023131440-bf598ef6a9cefb3787e1a76afa7599231f48f38b.JPG20191023131452-d6bc665a7d16526f261c630996949a00a28ea0a9.JPG そのあとは、研究室というか、実験室の見学。液体窒素、ピペットマン、PCRなど、見たことがないものがほとんど。-80oCの冷凍庫にはびっくり。また、遺伝子の並びを解析するシークエンサーもちょうど動いていて、自動で動くというのが、びっくりだったでしょうか。植物の観察をする大きな顕微鏡、薄く植物を切る装置なども。最後は低温室での植物の栽培も。1回の説明では、分からないこともあったかと。また、時間を見つけて、見学に来てみて下さい。さらに、成長した姿を楽しみにしていますので。

20191023131519-0a0b760a1e8cf58e2228cfbc1522fe375d67c227.JPG20191023131530-2ff5bbaa49b65d709c018d9d099fb0251eea1142.JPG20191023131542-098fac01b86b370132f661fa114ae6a977fee8e1.JPG わたなべしるす

 PS. アウトリーチ活動とは関係がないのですが、大学院生だった頃、お世話になった害虫研の先輩が今はポジションを得て、大学で研究を。最近の著書を送って頂きました。世界情勢、歴史を考える上では貴重な本でした。ありがとうございました。

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台風19号

2019年10月16日 (水)

1日の寒暖差が身にしみる季節になってきました。
技術職員の伊藤です。

寒暖差に身体がついて行かず体調を崩しやすい時期です。
加えて、台風19号の被害に遭われ今も大変な状況にいる方々も大勢おられると思います。

仙台でも夜中に何度も緊急速報のメールが鳴り、避難勧告が出た地域の学生さんが研究室に避難したりと緊張した1日でしたが、片平キャンパスは大した被害もなく、当研究室のスタッフ、学生さん達も皆、無事でした。

今回の台風で、雨が強くなり、自宅近くのマンホールから水が溢れてきている様子を見ながら、こんな暗闇の中、避難指示が出た場合、自分自身がうまく避難できるかとても不安になりました。
ましてや小さい子供やお年寄りがいる家庭などを考えると、非常に難しいのだろうなと。
普段からの意識と備え、訓練などが重要である事を再認識しつつも、、、ニュースで被害を目の当たりにすると不安が大きくなる日々です。
今は被害に遭われた方々が1日も早く日常生活に戻れる事をお祈りしております。


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いとう

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第36回生命科学セミナー「シロイヌナズナにおける細胞膜H+-ATPaseの働きと活性調節機構」開催(10/8)

2019年10月 9日 (水)

 台風19号が来襲の3連休で関東を直撃する模様。。。仙台は日曜日の午前中がピークになりそう。netの記事がある時点で、マリアナ諸島近海で、最大瞬間風速75m/sというのは、どんな風なのか。もちろん、このレベルで日本に来るのは、困るわけで。。。おまけに、今週末は、卵の開催日。。。何とかなりそうにも見えるし、。。。そんな週末が気になる火曜日。少し曇り気味でしたが、以前から、HPで広報していた、コペンハーゲン大・林博士をお招きして、細胞内から外へプロトン(H+)をATP加水分解エネルギーで輸送する、H+-ATPaseについてのセミナー。渡辺が苦手とする生き物の「恒常性」に関わる部分とおぼしきところ。

20191009143813-7fe3df803803b6ae06a032c2a8431f9f985c5a0f.JPG これまでの研究から、気孔の孔辺細胞のお話がmainで。普段はコラボをしているところでお願いしている生化学的解析などのきれいなdataが。なるほどでした。また、普段から考えているシグナル伝達系がいくつものステップで分かっていて。こちらも解析手法では学ばないと。。。ある意味反省でした。花を使っていると、気孔からのガス交換のことなど考えることがないのですが、どこかで関係していることはきっとあるだろうと。繋がりがあることを期待しつつ。ありがとうございました。そうそう、最初にデンマーク、コペンハーゲンの概略のお話も。最近の出張はアジア、アメリカが多く、欧州へ行くことがないので。何かの機会にと。。。

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 わたなべしるす

 PS. 恒例となっている月1回のケーキ会。せっかくですので。こんな時にやるのがよいのではと。準備してくれた皆さんに感謝です。

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