デプスが低い場合において高精度に遺伝子型判定を行うためのアルゴリズムを開発し、Linux上で動作するツールを整備・提供しました（Kobayashi et al. DNA Res.）。

ワークショップGene Mapping by Segregationにおいて、「Lage-Scale Analyses for Genome, Transcriptome and Knowledgeome in Plant Science」との演題タイトルでの講演を行いました。
また、ワークショップPlant Omicsを開催し、網羅的なオミックス解析手法について講演者より紹介いただき、活発な議論を行いました。

第35回日本植物細胞分子生物学会（さいたま）大会において、バイオインフォマティクス講習会Ⅴ（2017）を開催しました。
今回はNGS解析手法を実習形式で紹介しています。
講習会資料は、矢野研究室のホームページからアクセスできます。

イネ科オヒシバ属 Eleusine の栽培植物シコクビエ（学名：Eleusine coracana (L.) Gaertn.、英名：Finger millet）は、雑草オヒシバ（E. indica）と未知の種が融合して生まれた野生倍数体種（Eleusine coracana subsp. africana）を起源に持つ異質倍数体であり、この倍数化によって高い環境耐性を得た可能性があります。また、世界各地の品種の多様性が高く(写真１)、育種によって生産性や栄養価をさらに高められる可能性を秘めています。

今回複数のDNAシークエンサーのデータを組み合わせてゲノム配列を再構成するハイブリッドゲノムアセンブリ手法を採用し、これまで難しいとされた倍数体のゲノム解読に高い精度で成功しました（N50 > 2.6 Mb）。 解読されたゲノム上に62,348個の遺伝子を発見し、そのほとんどが二つの親種ゲノムに由来する相同性の高いホメオログであることが確認されました。

今後 、二倍体親種オシヒバ（E. indica）ゲノムと野生倍数体種（E. coracana subsp. africana）ゲノムとの比較から、倍数化後及び栽培化後の遺伝的な変化メカニズムと形質多様性のメカニズムを分子レベルで解明していく予定です。

写真１： シコクビエの多様な品種の穂。形態からもその多様さが見て取れる。

（写真提供：バンガロール農業大学・チューリッヒ大学　Mathi Thumilan Balachadran博士）

各研究機関からのプレスリリース詳細はこちら

横浜市立大学プレスリリース

スイス・チューリッヒ大学プレスリリース（英語）

スイス・チューリッヒ大学プレスリリース（ドイツ語）

スイス連邦工科大学ローザンヌ校ウェブサイト（英語）

<発表論文>

Hatakeyama M, S Aluri, M T Balachadran, S R Sivarajan, A Patrignani, S Grüter, Lucy Poveda, Rie Shimizu-Inatsugi, John Baeten, Kees-Jan Francoijs, Karaba N. Nataraja, Yellodu A. Nanja Reddy, Shamprasad Phadnis, Ramapura L. Ravikumar, Ralph Schlapbach, Sheshshayee M. Sreeman, Kentaro K. Shimizu; Multiple hybrid de novo genome assembly of finger millet, an orphan allotetraploid crop, DNA Research, dsx036 (2017)

https://doi.org/10.1093/dnares/dsx036

　6月28日に、渡辺班、高山班、瀬々班のコラボでの論文が、Nature Plantsに電子版として公開されたことをお知らせしました。7月号として、無事、綴られたのが、いつだったのか、正確に覚えていません。最新号は、9月号が出ているようです。

　7月の最初頃だったと思います、「ライフサイエンス 新着論文レビュー」から、本論文の解説記事を2週間で書いてほしいと言うことでお願いされ、さすがに。。。そこまで高速かはできなかったのですが。。7月27日は無事、on-line上で公開されました。

高田ら (2017) アブラナ科植物において自他を認識する遺伝子の遺伝子重複と相互の機能喪失により生じた新たな生殖障壁. ライフサイエンス 新着論文レビュー (10.7875/first.author.2017.074)

　できるだけ、分かりやすく書きましたので、原著論文とあわせて読んで頂ければ、理解が深まるのではないかと思います。


　わたなべしるす