研究室のメインテーマは、アブラナ科植物の自家不和合性における自他識別機構の解明ですが、それに関連して、その時代に合わせて、ESTs、Microarray、次世代シークエンサーによる解析を行ってきました。その中で見つけたおもしろい遺伝子もいくつか解析してきました。また、われわれが収集したdataを他の大規模発現データと融合したら、もっと興味深いことはできると思いつつも、計算機を動かすことが苦手で。。。

　そんなインフォマの世界をコラボ頂いているのが、明治大･農の矢野先生。今回は、国内5研究室で有しているdataを含めて、publicなdataも統合しつつ、植物種ごと、あるいは、植物種を超えて、恒常的発現遺伝子を見つけることができれば、targetしている遺伝子がどれくらいの発現なのかを容易に比較することができるわけです。ということで、明治大･農の矢野先生が統括頂き、共同研究で行いました(Kudo et al. (2016) Identification of reference genes for quantitative expression analysis using large-scale RNA-seq data of Arabidopsis thaliana and model crop plants. Genes Genet. Syst., 91: 111-125., https://www.jstage.jst.go.jp/article/ggs/91/2/91_15-00065/_article)。この論文は、pdfを freeでdownloadできますので、興味のある方はぜひ、ご覧頂ければ、幸いです。

　なお、このGenes Genet. Syst.の91巻2号は、科研費・新学術領域研究「ゲノム・遺伝子相関(Correlative Gene System: Establishing Next-Generation Genetics )」の特集号として、編纂されています。この記事の1つ前に掲載していますが、イネ耐冷性と低分子RNAとの連関解析の論文も掲載されています。そちらの記事も参照下さい。


わたなべしるす

　地球温暖化と言われますので、コメの品質に影響を与える高温耐性というのが、登熟期に問題となりつつありますが、イネの作付けの北上を可能にしたのは、耐冷性であり、そのメカニズムの解明は、重要な研究課題であり、渡辺の研究室でも、Oda et al. (2010) Genes Genet. Syst., 85: 107-120.として、葯での発現遺伝子をと耐冷性の絡みで網羅的に解析してきました。渡辺の研究室の「始祖：origin」ともいえる附属農学研究所時代にも、斎藤報恩会のサポートを受けて設立され、耐冷性研究にも資金援助・研究がなされていました。

　今回は、2010年の研究材料とした「ひとめぼれ(耐冷性強)」、「ササニシキ(耐冷性弱)」を同様に用いて、冷水掛け流し圃場として、古川農業試験場にお世話になり、2010年の遺伝子がどの様な低分子RNAによって制御され、耐冷性にどの様な遺伝子が関連しているかについて、国内5研究室との共同研究で行いました(Maeda et al. (2016) Comparative analysis of microRNA profiles of rice anthers between cool-sensitive and cool-tolerant cultivars under cool-temperature stress. Genes Genet. Syst., 91: 97-109., https://www.jstage.jst.go.jp/article/ggs/91/2/91_15-00056/_article)。この論文は、pdfを freeでdownloadできますので、興味のある方はぜひ、ご覧頂ければ、幸いです。

　なお、このGenes Genet. Syst.の91巻2号は、科研費・新学術領域研究「ゲノム・遺伝子相関(Correlative Gene System: Establishing Next-Generation Genetics )」の特集号として、編纂されています。別記事に掲載しますが、植物ごとの処理条件を超えて恒常的に発現する遺伝子の解析の論文も掲載されています。そちらの記事も参照下さい。


　わたなべしるす

　渡辺が子供の頃は、10月10日は体育の日でお休み。今年は、偶然、ハッピーマンデーと重なり、休日。ある意味、懐かしく、ほっとする体育の日。2020年東京オリンピックのことがいろいろと話題になっていますが、1964年の東京オリンピックの開会式を記念しての体育の日。そんな記念はちょっと大事にしてほしいと思うのは、年をとったのでしょうか。。。

　何かを企画するというのは、大変なこと。大きなオリンピックのようなことは、われわれには、無理にしても、教育研究活動で色々な企画をお願いされて、。。。その大変さは、身をもって実感するわけで。。。そんな中、今年で8年目となる高校生向けのイベント「科学者の卵養成講座」の第1期生である理学研究科の日置くんが実行委員会事務局長として、「Tohoku INVENTOR」と言う企画が、11月6日(日)、東北大学片平キャンパスさくらホールで。細かなことは、HPを見て頂ければと思いますが、高校生から大学院生が「発明の未来」を考えるというもの。この企画力、実行力には頭が下がります。

　当日は、渡辺も時間を見つけて、参加できればと思います。興味を持たれた方、是非、「Tohoku INVENTOR」のHPを見て、ご参加頂ければと。。。20年、30年先の未来に大きく花が咲くことを祈念しつつ。。。


　わたなべしるす

　台風18号、955hPaまで気圧が上がり、勢力が弱まっているのは、北の寒気団の関係でしょうか。旭川では、初霜とかと。。。仙台も今朝は、ずいぶんと涼しい朝でした。台風18号も仙台を通過するときは、どうやら、夜中のようで。勢力がどうなっているかはありますが、ガラス室など、被害がないように。。。と祈るばかりです。

　昨日、10/4(火) 13:00現在での受講申込状況をお知らせで、残り枠は2名とお知らせしましたが、先ほど、2名の受講生の希望があり、おかげさまで、こちらの準備ができる範囲で、20名の申込をとじることができました。希望していた皆さん、がんばってください。そのために、これまでも書いていますが、これまでのこの展開ゼミに関する記事は、4/8(金), 8/29(月), 9/21(水), 9/26(月), 10/4(火)にいろいろなことを記しています。また、展開ゼミが始まったときに、記事がuploadされるHPのsiteに渡辺が記事を記しておきました。あわせて、ご覧下さい。さらに、受講前に、先輩方(一昨年、昨年)が何をどの様にやったのか、必ずHPを見て、これから先、どんなことが起きるのかを理解してから、明日の第1回目の講義にのぞんでください。

　今回が、最後ですから、同じことを記しておきますが、シラバス上では、第1回目の講義場所を「片平キャンパス・生命科学研究科本館3階306会議室」としましたが、すでにその会議室は、別企画に伴う研究室への改修工事が始まり、使うことができません。そのため、シラバスにある「片平キャンパス・生命科学研究科本館3階306会議室」の隣の建物である「生命科学研究科新棟(このlinkのD04のたてもの入り口は、矢印の所)1階講義室A」に変更します。D04を入ると教務係がありますので、不明な方は、聞いて下さい。受講される方、明日、木曜日の17:00に片平でお待ちしております。台風一過で天気もよいのではと思いますので。


　わたなべしるす

　PS. 昨日のノーベル賞ノーベル物理学賞、「トポロジー」の考え方を量子力学の理論に応用とか。高校の物理が限界だったので、「エントロピー」くらいまでは、理解できても、「トポロジー」は。。。少し勉強してみたいと思います。遺伝学に使えないか。。。

　台風18号、沖縄本島、その周辺での被害状況がわからないですが、現時点で、915hPaという気圧と最大瞬間風速が75m/sという強烈さ。。。なんとか、仙台を通る頃までには、気圧も上がり、風速が下がっていることを祈りつつ。

　前回、9/26(月)での受講申込状況をお知らせしてから、1週間程度。もう少し受講生も増えて。10/4(火) 13:00現在、18(17+1)名の申込となり、残り枠は2名です。講義で記事を書いてもらうための準備もありますので、できれば、明日の午前中には、申込を一端とじることにしたいと思います。ですから、希望される方は、急ぎ、連絡を頂ければと思います。これまでのこの展開ゼミに関する記事は、4/8(金), 8/29(月), 9/21(水), 9/26(月)にいろいろなことを記しています。受講前に、先輩方(一昨年、昨年)が何をどの様にやったのか、ぜひ、HPを見るだけでも十分な予習となりますので、見ておいて下さい。

　同じことを記しておきますが、前回も書いたとおり、シラバス上では、第1回目の講義場所を「片平キャンパス・生命科学研究科本館3階306会議室」としましたが、すでにその会議室は、別企画に伴う研究室への改修工事が始まり、使うことができません。そのため、シラバスにある「片平キャンパス・生命科学研究科本館3階306会議室」の隣の建物である「生命科学研究科新棟(このlinkのD04のたてもの入り口は、矢印の所)1階講義室A」に変更します。D04を入ると教務係がありますので、不明な方は、聞いて下さい。申し込まれた方、あるいは、急ぎ、これから、申し込む方、あさって、木曜日の17:00に片平でお待ちしております。台風一過で天気もよいのではと思いますので。


　わたなべしるす

　PS. 今週は、いわゆる、ノーベル賞week。昨日が、生理学・医学賞。大隅良典・東京工業大栄誉教授。「オートファジー」。顕微鏡での観察からの発展とか。ちょっとした変化に気がついた大隅良典先生の素晴らしさを改めて。。。おめでとうございます。そんな意味でも、このゼミで、その観察をしっかり学んでほしいなと。。。今日以降の物理学賞、化学賞などがどうなるかにも興味は尽きないですが。