東北大学大学院生命科学研究科 植物分子育種分野 渡辺研究室

研究室ダイアリー

【研究室訪問】山形県立鶴岡南高等学校理数科・SSH理数セミナーI・研究室訪問、実験実習「バナナからDNAを」、特別講義「自家不和合性、植物の生殖」(3/20)

2014年3月20日 (木)

 午後からの中園先生のセミナーの前、午前中は、山形県立鶴岡南高等学校理数科の研究室訪問、実験実習、講義。今年で3年目。山形県立鶴岡南高等学校は、渡辺の大学時代の師匠である日向先生の母校。旧藤島町の出身で、日向先生自身、時々そちらにも帰っておられるというのを、いつだったか、日向先生から伺ったことが。。。そんなつながりもあり、今年で3年目の研究室訪問などとなりました。1年目に旧藤島町出身の方がいたので、今年もと思ったのですが、いらっしゃらず。もちろん、高校にはそうした方もいると。ぜひ、日向先生というか、高校の先輩でそうした方がいることを考えるきっかけにしてもらえれば。

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DSCN1942.JPG 最初は「バナナからDNAをとて見よう」という実験。1/4くらいにしたバナナをつぶして、食塩水で攪拌というか。その抽出物を濾過して、洗剤を入れて、膜を破壊。それをプラスチックチューブにうつして、エタノールで析出。2-3人がグループとなり、実験をしたわけですが、いつものように、しっかりバナナをつぶしたグループ、そうでないグループ、それぞれ特徴があるのが。。。それで、バナナの抽出液が自分たちのところだけ、他よりも「褐色」であることについて、質問というか。。「最初のバナナの質が悪かったから。。。」という意見も。。。それはほとんど同じくらいのバナナを使った訳なのでないはずです。では。。。。。たぶん、褐変化がひどかったのは、最初にたくさんつぶしすぎというか、酸素と混ぜすぎ。なので、激しく酸化したので、褐色の程度がちがうと思ったのですが。それを説明しないままでした。。。このHPをみて、納得してもらったでしょうか。

DSCN1951.JPG 実験がほぼ、同時に終わったので、10人ずつくらいのグループで、研究室内とガラス室のBrassica oleraceaの多様性観察。バナナの実験からTAをしてくれていた辺本さんに研究室内の説明を。外は、渡辺の方が。キャベツの仲間、B. oleraceaは、ケール、キャベツ、ブロッコリー、カリフラワー、ロマネスコ、コールラビ、葉ボタンなど、多様に分化しています。形態観察とせっかくなので、葉っぱなどの可食部の比較。ブロッコリーなど花茎を食べるようになった分、葉っぱの部分の味は、原種であろう「ケール」よりもごわごわして、おいしくないというのも体感してもらいました。雪が解けたら、鶴岡の周りにはアブラナの畑を見ることもできるでしょうから。。。

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DSCN1953.JPG 実験、見学に続いて、最後は講義。講義のイントロは、野菜などの花の写真から、何なのかを考えてもらう。最初はすごく引っ込み思案でしたが、では、応えてくれた人には何かをといったら、さすが、反応よく(正解の人へのプレゼントを失念していました。あとで、飯澤先生経由でもらって下さい。)。majorなものは、わかっていましたが、意外と知らないもの。これを機会に周りの自然の観察をしっかりやってもらえれば。それに続いて、自家不和合性の講義ですが、なぜ、自家不和合性のようなことがあるのか、自殖弱勢が起きるという問題、渡辺が日向先生の研究していたものを発展させて、ここまで理解できるようになったとか。なにより、師匠である日向先生の元で実験をしたので、ここまで来たと。それくらい、大学、大学院での指導してくれる先生の影響は大きいと。それだけに、自分の将来のことをしっかり考えてほしいと。将来、植物を使って、遺伝子の研究をしたいという生徒さんも。うれしいですね。ぜひ、日向先生の意志を継いで、一緒に自家不和合性の実験を一緒にできれば、うれしいですね。自家不和合性の話しの最後のところで、同じく鶴岡南高校の卒業生である名古屋大教授の東山先生からお借りしているトレニアの受精の動画。この受精に、アブラナ科植物の自家不和合性に関わっている低分子ペプチドに類した物質が機能していると。最後は質問の時間。自殖弱勢はどの様なメカニズムなのか、自殖と他殖というちがうものがなぜあるのか。自殖で大丈夫なのかなど。鋭い質問を。さすがと。。。質問の最後は、例年通り世界に向けて情報発信。

DSCN1959.JPG 講義が終わったあとに、代表の高校生から今日の講義のお礼の言葉。とてもしっかりしたコメントを頂き、自然を観察すること、その変化に気がつくことの大切さなどを理解してくれていたのは、とても感動でした。自然豊かな山形・鶴岡の自然をしっかりと観察して、将来に活かして下さい。今日、質問をするのがはずかしかった方々、mailでもかまいません。タイトルのところに、今日の講義を聴いた鶴岡南高校の生徒ですと書いて。。。お待ちしております。また、最後のところで、引率で来られた飯澤先生から、また、来年度もこの時期に研究室訪問、実験、講義等の依頼をいただきました。ありがとうございました。師匠の日向先生から引き継がれたもの。大切にしたいと思います。よろしくお願いいたします。

DSCN1957.JPG 最後になりましたが、今日の実験、講義、研究室見学をお手伝い頂いたTAの辺本さん、準備を頂いた方々に感謝します。ありがとうございました。研究室見学等のアウトリーチ活動も今回のが今年度最後。本当にお世話になりました。ありがとうございました。


 わたなべしるす

 PS. 昨日は工学部の安藤先生のところに行っていたというのを、学科のTwitterで見つけました。こんなところにも。。色々な分野を見ておくのはよいことだと。。。

 PS.のPS. この記事を書いているのは、夕方。みぞれていたのが、気がついたら、すっかり雪が積もって。。。夜にかけて積もるというようなことを聞いていたのが。。。。かなり早めにずれ込んで、というのでしょうか。困ったものです。また、雪かと。。。。さすがにもう雪はいらない。というのが本音です。

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第23回生命科学セミナー開催(3/20)

2014年3月20日 (木)

 以前にお知らせしていた第23回生命科学セミナー「過湿ストレスに応答した植物組織の二次肥大の制御機構 --ダイズの二次通気組織形成機構に着目して --」を名古屋大・中園先生が来仙されるというので。。。中園先生とは、両名が学生、院生の頃から、育種学会の若手の会(仮称)で、情報交換をしたり、。。。で、昔からよく存じ上げていました。もちろん、最近では微小組織をレーザーで切り出し、その部分だけの遺伝子発現などを解析したLaser microdissectionでお世話になり、共著もあります(Suwabe et al. 2008, Osaka et al. 2013)。今回は、その育種学会が仙台で開催されると言うことで、時間の合間を縫って、セミナーをお願いした次第です。

140320_1.jpeg 講義では。。。ダイズを実験材料に用いて、耐湿性を持たせるための基礎的な研究。田畑輪換をして水田土壌で、畑作物のダイズを栽培する上では、とても重要な案件。日本の食糧自給率を上げるためには、不可欠な研究の1つとなっています。ところが、現在までにいろいろな角度から研究がされていますが、これという品種になってないのでは。。そんな中で、空気の通り道である「二次通気組織形成機構」に着目して、というこれまでにはなかった発想は、これまでの中園先生の研究を見ていてもなるほどと思う部分でした。もちろん、LMDを実験系に有効に使われており、これという「技」を持っているのは、大事なことなのだと。。。。また、実験が論文として公表されてないので、細かなことは記せないですが、なぜ、こんな実験系を思いついたのか、そんなことは気がつかないだろうというような「奇抜」といえるような発想には、今回も驚かされるとともに、こちらも研究をする上でしっかり考えないといけない部分であると、改めて考えさせられました。また、この現象を考えるときに、類似の機構をモデルとして、それを参考にして考えているところも、さすがと。これからの実験、研究に活かしていきたいと思います。ということと、また、LMDなどで共同研究ができればと思います。よろしくお願いします。ありがとうございました。

 最後になりましたが、学会の合間にこちらに来て頂き、セミナーありがとうございました。また、ぜひ、来仙の折には。。。逆に、名古屋に伺った時には、こちらでセミナーをさせて頂ければと思います。ありがとうございました。

140320_2.JPG わたなべしるす

 PS. 今回のセミナーの企画は、地圏の南澤先生との共同開催という形でした。書くのを失念しており。。。そんなことがあったからでしょうか。セミナーのあとには、雨がひどくなり、気温が下がり、みぞれ交じりに。。。明日からの学会に問題がなければよいのですが。。。


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量と質、潜在的、らせん(3/19)

2014年3月19日 (水)

 遺伝学をやってどれくらいになるのだろうか。ずいぶんになった。最初に、謎のコメが日本を狙う、というテレビ番組を高校3年の地理の時間に見せてもらってからである。興味を持ったのは。もちろん、生物Iの時間も遺伝学だけは楽しかった。その遺伝学もずいぶんと世の中が変わってきた。昔であれば、遺伝子1つを解析するというか、cDNA cloneの解析に1年近くはかかった。大変であった。ところが、今なら、ゲノム全体の比較もできる時代に。質と量とが求められているのか。何かの本に書いてあった。量と質とは異質な者であるが、量が質を越えるとか。。。??たしかに、big dataと呼ばれる大量のdataを読み解けば、本質が見えるような気がする。残念ながら、学生の頃に書けていたプログラムも書く時間と言語を忘れた。。。年度末と言うこともあり、報告書、書類などが多くて、HPを改訂できていない。5月末にOpen labがある。それに向けて、HPの大幅改修を計画している。もう少しお待ち下さい。そんないままでとはちがった方法で、遺伝学をひもとく。つまり、大量dataから、おもしろいことを見つける。そんなことをできるようなメンバーがと思ったりする。もちろん、これまで共同研究であったり、そうした学生さんもいてくれたが、今は、その学生さんも卒業して。。。また、そうしたことができる新しい学生さんと実験ができることを祈りつつ。。。。

DSCN1811.JPG もちろん、表現型を見ること。それが遺伝学の基本とも言える。というか、サイエンスの基本なのかもしれない。そんなとき、review article、抄録とも言うが、特定分野の最近の進歩などをまとめた論文として発表される。渡辺自身も書いたことはある。そんな中に、「cryptic genetic variation」というのを見つけた。表現型には表れないけど、遺伝的な多様性がある。。。ということであろうか。そんな潜在的なものも、先の大量dataを見たら、見えてくるかもしれない。ただ、表現型とlinkしてこないので、どうやってわかるようにするのか。。。結構難しい問題ではあるが、そうした技術を使えば、見えてくる、わかるようになる可能性が大きいのではないだろうか。もちろん、それ以外にも、これまでの遺伝学で行うような特定の遺伝的背景では、その現象が見えないけど、遺伝的背景を変えると、見えてきたり。。。その意味でも潜在的というか、見えにくいというか、地面の下に隠れているというのか。。。隠れたものを見つける、それが遺伝学なのかもしれない。

 こうした根源的なことを想像している一方で、時間は流れていく。。。。今日も残り、4hrを切った。。。あしたは、山形県の高校生が研究室見学と講義、実験で。。。ここ3年ほど、恒例になっているので、また詳しいことは明日記すとして。。。今日やるべきことは今日やらないと。。。積み残しをしたら、明日が大変。そのために、可能な限り、動かすピースの数を少なくする。昔なら、力任せにたくさんのピースを動かして、ということもできたが、さすがに。。。年は隠せなくなったが、その分、工夫をして。もちろん、できる工夫とできない工夫はある。先日も割れてしまったスライドグラスを交換したら、うまくいったことがある。割れたのを戻すのは難しいが、交換くらいなら。。。ちょっとだけずらせば、どうにかなることであれば。。。そういえば、スライドグラスの交換の時に、蒸気の流れを遮断するようなねじれが。。。。それに気がつかないと、大変なことに。。。そういえば、明日の高校生の実験では、二重螺旋のDNAをとってみようということを。らせんというのはねじれているもの。それでも不思議と短くしたら、何とか扱えるようになる。というか、扱ってきた。短く、ちょっとずつなら、力任せでなくて、できる。ただ、やっぱり、量の問題だけは大きな計算機が必要となる。そんな計算機の出現を楽しみにして。。。明日もまた、できることをできるようにやってみよう。何かが前に進むのであろう。。。きっと。。たぶん。。必ず。。。。


DSCN1829.JPG わたなべしるす

 PS. きょうは多くの市内の小学校で、卒業式とか。。。NSPをやっている七北田小学校にうかがえなかったので。諸般の事情で。。。卒業する子どもたちに、お手紙を送っておいた。受け取った先生から、「渡辺先生と博士たちからのあたたかい「卒業の言葉」ありがとうございました。6年生教室前の廊下に掲示させていただきました。先生からのメッセージも子どもたちは,じっくり読んでいました。(たずさわった博士の多さにびっくり!)」。というmailを頂いた。何ともありがたいことである。また、そうした子どもたちとどこかであれることを楽しみにして。。。

 PS.のPS. 明日は、もう一つ。名古屋大の中園先生がいらしてセミナーが。異分野とふれることで、なるほどと思うことがたくさんあるのだろうと。。。

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今日のおやつはケーキよ!

2014年3月19日 (水)

こんばんは、M1の辺本です。

久しぶりの日記となります。
最近ラボにいないことが多いのですが、
ラボのみんなに会わない日々が続くと寂しくなりますねぇ。

さて今日は、おやつの時間に皆でケーキを・・・
志田さんのアルバイトお疲れさま会です。
今回のケーキは、kazunori ikedaで。
過去に何度もお世話になっているケーキ屋さんのようですが、私は初めてでした。
お店には可愛らしいケーキやチョコが沢山並び、眺めるだけでワクワク!

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眺めるだけで、幸せな気持ちになれる食べ物って素敵ですね。
そんな見た目も味も満足~のケーキを食べながら、
長い間アルバイトのお仕事を頑張ってくれた志田さんに色紙とプレゼントを!

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最近よく見る花束の色紙。
可愛いので、ついつい買ってしまうのです。

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そして、プレゼントにはワインとワインセーバー。
嬉しそうな志田さんの笑顔が見れたので、良かったです。
志田さんは重めのワインが好きなのだそう。私と同じだわ♪
それにしても、ワインセーバーいいなぁ。
私も欲しい!誰か・・・・!

プレゼント贈呈の後は、志田さんとなべさんからお言葉をいただき、
一端締めた後・・・また、プレゼント贈呈が始まりました。
それは、高田さんの第3子誕生祝いです!

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お祝いは、高田さんのご要望も取り入れて、涎掛けなどを。
baby Gap のベビー服、可愛いですよね~
高田さん、おめでとうございます!
そう言えば、高田さんから「無事産まれたよ!」と報告の言葉を聞いた時、
私も幸せな気持ちになったなぁ~子供誕生って素敵だなぁ。

高田さんへのプレゼント贈呈も終わったところで、今日はお開きしました。
だが、しかし!ケーキが1個余っています。

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なぜ?誰かいなかった?
そう!あの噂の方・・・大坂さんが!また!来なかったのですー!
どうしたのかなぁ?大丈夫かなぁ?26日は来てくれるかなぁ?
いろいろ心配になってきました。心配しすぎて眠れません。

ちなみに大坂さんのケーキは、女性陣で美味しく頂きました。
チョコケーキとても美味しかったです!ありがとう、大坂さん!

今回のケーキ会は、私が仙台不在の日が続いたせいもあり、
増子さん、曽根さん、大坂さん、田口さんなど多くの方々に助けていただきました。
また、今回もナベさんからの援助があって、楽しい時間を過ごすことができました。
みなさん、ありがとうございました。


M1 ナベ

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【研究室訪問】循環型科学者の卵養成講座・エクステンドコース・第1, 2日「プラズマ照射法で自家不和合性を破る」-1(3/17-18)

2014年3月18日 (火)

 循環型科学者の卵養成講座・発展コースは、先週の土曜日の発表会で終了。もちろん、エクステンドコースも、表彰式などを行って、終了。本当は、渡辺のところで、2名のエクステンド生を引き受けていたのですが、プラズマ発生装置がうまく機能しないなど、いくつか問題があり、また、エクステンド生である仙台一・遠藤さん、笠原さんが、受験生ということもあって。。。受験が終わったこの時期に実験ができないかと言うことで。どこまでできるかは別として、発展コースの3名の方々がやってくれた続きの実験を。

DSCN1935.JPG 今回はTAとして辺本さんにお願いをして。。。曽根さんの方が卒業で実験の最後のまとめとか、論文作成などがある関係で。。。今回の実験は、雌しべの先端の乳頭細胞はたぶん、なんというか、感受性が高いというか、低いプラズマでも影響が出るだろうと。では、他の組織、例えば、花弁、葉などでは、どうなのか。もちろん、同じ処理条件で、乳頭細胞を比較するわけですが。。。

DSCN1936.JPG この実験は「プラズマ」という外的刺激に対して、植物がどの様な反応を示すかと言うことでもあるので、他の外的刺激として、「紫外線」を使ってみようと。この結果がどうなるのか。。。比較実験としてとても楽しみです。

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 わたなべしるす

 PS. 処理装置3号も何より、工学部の安藤先生の手作りのもの。長時間の照射で一部劣化が。。。昨日の夕方、昔電気工作は好きであった渡辺が急遽修理を。。。こんなことをするのどれくらいぶりだろうかと。装置の一部のスライドグラスが破損していました。それを新しい者に交換したら。。。何とか動くようになって。。。一度、安藤先生に見て頂かないと。。。「餅は餅屋」ですから。。。

DSCN1932.JPG PS.のPS. 昨日とある海外の博物館の方を交えて、夕食会というか飲み会がありまして。。。その時に、写真を頂きました。そういえば、来週は上野の国立科学博物館「野依科学奨励賞」の表彰式。少し時間を早めにとって、「科学を見せる」ということも少し学ぼうかなと。。。そんなことも。。

DSCN1937.JPG PS.のPS.のPS. このプラズマ照射装置を作って頂き、共同研究をしている安藤先生が所属の工学部情報知能システム総合学科のTwitterで、アウトリーチ活動、広報などをされている中村先生が、昨日の宮城県高等学校理数科課題研究発表会のこと、そこで、渡辺が質問したこと、さらには、上記の受賞の件も書いて下さいました。ありがとうございました。こうした異分野融合というか、領域融合ができればと思います。

 PS.のPS.のPS.のPS. 先日、とある方から、「せとか」という柑橘を頂きました。とても甘くて、晩柑にしては、手でむくことができるのが特徴。ところが。。。。1つ、これがせとか??というくらい、甘くないものも。。。もらった方にどうこうでなくて、できて間もない品種と言うことで、高接ぎの台木の違い、栽培土壌によって、こんなにも品種特性が出なくなるのだろうかと。。。外見上、中の砂のうという部分だったと思いますが、そこに違いがないだけに、余計に。。。。品種改良というか、育種の難しさというか、栽培の難しさを実感したのでした。。。

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