メダカ属（Oryzias）の核型は、染色体の形態によって、単腕型、融合型、両腕型の３タイプに分かれ、それぞれの核型を持つメダカ群は分子系統学的にも同じグループを構成し、染色体構造の変化と遺伝的な分化に強い相関が見られます。両腕型のニホンメダカ（O. latipes）と単腕型のハブスメダカ（O. hubbsi）のF1雑種胚では、染色体の不分離によってハブスメダカの染色体が一方的に減少し致死となることが知られています。このような雑種胚の発生異常を引き起こす染色体の不分離の要因の一つとして、動原体ヘテロクロマチンの分化とその不適合性が考えられます。本研究では、単腕型の染色体構成を持つハブスメダカと融合型の染色体構成を持つセレベスメダカ（O. celebensis）から動原体ヘテロクロマチンを構成する反復配列をクローニングし、それらの塩基配列、染色体分布、ならびに種間の保存性について調べました。その結果、ハブスメダカから単離されたOHU-RsaI-Scen配列はすべての染色体の動原体に大量に存在し、セレベスメダカの２つの配列OCE-AluI-ScenとOCE-HinfI-Scen5もほとんどの染色体の動原体部位に存在しました。しかし、これら３種の反復配列の塩基配列やGC含量には相同性はなく、また高い種特異性が見られたことから、それらの起源は互いに異なりそれぞれ独自の分子進化を経てきたことが明らかになりました。現在は、両腕型の核型を持つメダカからも同様に動原体反復配列を単離し、それらの特徴を調べることによって、３種のメダカグループにおける動原体反復配列の進化過程と核型進化との関係について解析を進めています。