鳥類と爬虫類では、ほとんどの種が微小なマイクロ染色体をもっています。しかし、分岐年代が古く、トカゲ類・ヘビ類を含む有鱗目（Squamata）の系統樹の基底部に位置付けられるヤモリ科（Gekkonidae）の種には、マイクロ染色体が見られません。この事実は、有鱗目の祖先種はマイクロ染色体をもたず、マクロ染色体の分断によってマイクロ染色体が生じたと考えるfission説を支持しているように思われます。しかし、分岐年代の新しいカナヘビ科（Lacertidae）では、マイクロ染色体の消失が見られることから、爬虫類におけるマクロ染色体とマイクロ染色体の出現と消失の過程については、これまで大きな謎とされていました。そこで、私たちは、ZW型の性染色体構成をもちマイクロ染色体をもたないミナミヤモリ（Gekko hokouensis）とマイクロ染色体をもつシマヘビ（Elaphe quadrivirgata）、ミズオオトカゲ（Varanus salvator macromaculatus）、バタフライトカゲ（Leiolepis reevesii rubritaeniata）、そしてマイクロ染色体を1対しかもたないニワカナヘビ（Lacerta agilis）との間で機能遺伝子の染色体地図を作成しました。さらに、これらの染色体地図にアノールトカゲ（Anolis carolinensis）とニワトリのゲノム地図の情報を加えて染色体上の遺伝子の連鎖群の比較を行い、各種間の染色体相同性を明らかにすることによって、有鱗目における祖先核型と染色体の構造変化の過程を推定しました。