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【明治大】矢野班の記事を表示しています

植物遺伝子発現ネットワーク情報データベースPODCの構築

改訂を続けているβバージョンです。
以下よりアクセスできます。
http://bioinf.mind.meiji.ac.jp/podc/
現在、シロイヌナズナ、イネ、ソルガム、トマト、ブドウの情報を提供しています。
今後、種数の拡大、知識情報やゲノム配列情報などの他のオミックス情報の統合、インターフェースの改善を進めていく予定です。

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アウトリーチ活動

7月9日に、大阪信愛女学院高等学校の進路プログラム「職業人に聞く!」において、生命科学・農学研究者としての職業を紹介しました。


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スギヒラタケ・トランスクリプトーム解析

高速シーケンサーを用いて、スギヒラタケ (Pleurocybella porrigens)のトランスクリプトームの解読を行い、発現遺伝子の機能解明を行いました(Suzuki et al., 2013, PLoS ONE 8(7): e69681)。これまでに配列解読がなされていなかった属であり、ゲノム・遺伝子相関機構を解明する上で極めて重要な情報基盤となります。

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平成25年度班会議に参加して

62日から4日にかけて、班会議に参加させて頂きました。皆様の先進的なご研究内容に引き込まれ、あっという間の3日間でした。

ゲノム・遺伝子相関と銘打っている通り、ゲノムやトランスクリプトームなどのオミックス情報を対象としたご研究が多く、扱うデータの大規模化を目の当たりにしました。私はバイオインフォマティクスを専門としておりますが、バイオインフォマティクスの必要性・重要性を実感すると共に、生物学的意義のある情報をどのようにマイニングするか再考する良い機会となりました。懇親会では、皆様快く会話に加えて下さり、共同研究の話も持ち上がるなどして、まだこの世界で経験の浅い私にとって、とても貴重な経験となりました。

この度の班会議に参加する機会を頂けた事に感謝すると共に、再び班会議に参加する機会がありましたら、その際は皆様にご指導ご鞭撻の程頂ければ幸いです。

 

明治大学農学部生命科学科バイオインフォマティクス研究室

小林 正明 (ポストドクター)

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非モデル作物のオミックス研究の展開

カキのトランスクリプトームを用いた研究成果が掲載されました。
H. Itamura, A. Nakatsuka, N. Sun, T. Esumi, A. Yamada, K. Yano, T.Nakagawa (2013) Effect of ascorbate on prolonging shelf life of persimmon (Diospyros kaki Thunb.) fruit. Acta Hortic., 989: 131-138.

矢野班では、多くの植物種のオミックス情報の比較解析を実施しており、これらのオミックス情報の蓄積はゲノム・遺伝子相関を明らかにする上で、重要な解析基盤となります。

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